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万見
- PDB-3qk2: Structure-Based Analysis of the Interaction between the Simian Vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qk2
タイトルStructure-Based Analysis of the Interaction between the Simian Virus 40 T-Antigen Origin Binding Domain and Single-Stranded DNA
要素Large T antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / origin binding domain / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / DNA unwinding involved in DNA replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / single-stranded DNA binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / DNA unwinding involved in DNA replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Large T antigen, polyomaviridae / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Large T antigen, polyomaviridae / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.643 Å
データ登録者Meinke, G. / Bullock, P.A. / Bohm, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structure-based analysis of the interaction between the simian virus 40 T-antigen origin binding domain and single-stranded DNA.
著者: Meinke, G. / Phelan, P.J. / Fradet-Turcotte, A. / Bohm, A. / Archambault, J. / Bullock, P.A.
履歴
登録2011年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5492
ポリマ－15,4911
非ポリマー581
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.969, 63.772, 62.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Large T antigen / LT / LT-AG


分子量: 15490.752 Da / 分子数: 1 / 断片: origin binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / プラスミド: pGEX-4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: P03070, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M thiocyanate [SCN], 17.5% PEG 3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 15789 / Num. obs: 15764 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 29.38
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / Num. unique all: 14985 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FUF

2fuf


解像度: 1.643→44.807 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1874 786 4.99 %RANDOM
Rwork0.1642 ---
obs0.1654 15626 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.301 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8693 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0029 Å2-0 Å2
3----4.8664 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.643→44.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1065 0 3 129 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1121567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.033426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.643-1.7460.2711320.21932430X-RAY DIFFRACTION99
1.746-1.88080.23761240.17722484X-RAY DIFFRACTION100
1.8808-2.07010.18231310.15382459X-RAY DIFFRACTION100
2.0701-2.36960.19651460.15792475X-RAY DIFFRACTION100
2.3696-2.98540.19361170.17332528X-RAY DIFFRACTION100
2.9854-44.82370.1641360.15612602X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3106-0.36360.36720.4763-0.48060.4830.10380.03890.0411-0.1643-0.02570.00490.0867-0.021-0.06330.20830.03070.00470.16720.01620.1628-18.2983-17.1817-12.0378
20.3728-0.4210.17330.4783-0.17170.9537-0.0512-0.0040.0154-0.01870.06450.0215-0.1015-0.1051-0.00940.14210.0052-0.00160.12230.00020.1287-17.3042-14.21622.517
30.0392-0.0508-0.09120.27360.22080.75880.0039-0.00070.0115-0.00370.0398-0.08670.0030.0919-0.04340.13760.0028-0.00990.135-0.0050.1523-10.7035-19.19730.6998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 129:148)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 149:211)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 212:261)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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