PDB-3qjg: Epidermin biosynthesis protein EpiD from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qjg

タイトル

Epidermin biosynthesis protein EpiD from Staphylococcus aureus

要素

Epidermin biosynthesis protein EpiD

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Epidermin biosynthesis protein EpiD from Staphylococcus aureus.
著者: Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qjg.cif.gz	911.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qjg.ent.gz	761.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qjg_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qjg_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
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CIF形式データ	3qjg_validation.cif.gz	135.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qjg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g5qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	889 1g5q-1 6dfk-1 1g63-d 6dfk-2 4o0k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00629

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epidermin biosynthesis protein EpiD

B: Epidermin biosynthesis protein EpiD

C: Epidermin biosynthesis protein EpiD

D: Epidermin biosynthesis protein EpiD

E: Epidermin biosynthesis protein EpiD

F: Epidermin biosynthesis protein EpiD

G: Epidermin biosynthesis protein EpiD

H: Epidermin biosynthesis protein EpiD

I: Epidermin biosynthesis protein EpiD

J: Epidermin biosynthesis protein EpiD

K: Epidermin biosynthesis protein EpiD

L: Epidermin biosynthesis protein EpiD

ヘテロ分子

244 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.991, 111.256, 154.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Epidermin biosynthesis protein EpiD 分子量: 19885.779 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: subsp. aureus COL / 遺伝子: epiD, SACOL1875 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HEV4, UniProt: A0A0H2WWM9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 20% PEG-MME-5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月12日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→45.8 Å / Num. all: 162302 / Num. obs: 162302 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.712 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.04-2.09	2.5	0.481	2.08	6320	0.947	74.4
2.09-2.12	2.7	0.441		6566	0.973	78.1
2.12-2.16	3	0.4		7040	0.962	83.2
2.16-2.21	3.3	0.383		7435	1.033	87.5
2.21-2.26	3.6	0.368		7820	1.083	92
2.26-2.31	3.7	0.326		8009	1.197	94.6
2.31-2.37	3.8	0.314		8298	1.177	97.8
2.37-2.43	3.9	0.292		8443	1.208	99.3
2.43-2.5	4	0.256		8483	1.338	99.9
2.5-2.58	4.1	0.222		8531	1.438	100
2.58-2.68	4.1	0.198		8433	1.54	100
2.68-2.78	4.2	0.177		8526	1.631	100
2.78-2.91	4.2	0.15		8507	1.807	100
2.91-3.06	4.2	0.135		8521	1.934	100
3.06-3.25	4.3	0.115		8495	2.049	100
3.25-3.51	4.3	0.101		8560	2.276	100
3.51-3.86	4.3	0.092		8486	2.341	100
3.86-4.42	4.3	0.082		8561	2.526	100
4.42-5.56	4.4	0.077		8577	2.341	100
5.56-50	4.2	0.067		8691	2.331	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G5Q

1g5q

解像度: 2.04→45.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 12.445 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2626	8177	5 %	RANDOM
R_work	0.2082	-	-	-
all	0.211	162164	-	-
obs	0.211	162164	94.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.5 Å² / B_iso mean: 32.7319 Å² / B_iso min: 8.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.66 Å²	0 Å²	0.65 Å²
2-	-	-1.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→45.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16396	0	378	1504	18278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	17744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.985	24285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3	28924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.221	5	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.908	25.896	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.314	15	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.385	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	19490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.755	1.5	10504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.214	1.5	4139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.289	2	17309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.169	3	7240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.326	4.5	6886

LS精密化シェル

解像度: 2.044→2.097 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	470	-
R_work	0.258	8555	-
all	-	9025	-
obs	-	9025	71.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7803	-0.0172	0.2689	0.9919	0.003	1.0552	-0.0058	-0.0225	0.0562	0.0925	0.0056	0.016	-0.2096	-0.0265	0.0002	0.0564	-0.0046	0.0185	0.0849	-0.0046	0.1033	26.6656	119.5105	70.2432
2	0.4903	0.0647	0.0131	0.6321	0.1442	1.2537	-0.0018	-0.0009	-0.0477	0.1262	0.0085	0.0518	0.2984	-0.0135	-0.0067	0.089	-0.0159	0.0104	0.0587	0.0168	0.1129	21.1391	90.9091	62.4703
3	0.3132	0.3253	-0.1443	1	-0.1786	1.3662	-0.0036	0.0175	-0.0115	-0.0767	-0.0141	0.1728	-0.1153	-0.2469	0.0177	0.0192	0.0282	-0.0191	0.1903	-0.0109	0.1752	5.3647	113.4082	49.8266
4	0.7179	-0.1748	-0.0561	0.972	0.0166	0.835	-0.008	-0.0646	-0.0395	0.0262	0.0588	-0.0186	-0.2912	0.0826	-0.0508	0.1264	-0.0626	0.0255	0.0767	-0.0243	0.0772	43.5356	140.6064	54.4147
5	0.2728	0.0286	-0.2733	1.5948	-0.3846	1.8518	0.0201	-0.0518	-0.0418	-0.1136	0.0204	-0.3372	0.0271	0.463	-0.0406	0.0345	-0.0575	0.0105	0.2852	-0.0788	0.243	67.9699	124.4198	48.1569
6	0.7969	0.0396	-0.036	1.0383	0.2602	1.1944	-0.0079	0.0782	0.0294	-0.3033	0.0513	-0.0813	-0.3437	0.1523	-0.0434	0.2154	-0.1169	0.0567	0.1077	-0.0189	0.055	53.1348	138.5507	25.8918
7	0.9143	-0.0879	-0.1812	0.6921	0.0188	0.6962	-0.0125	0.0231	-0.0853	-0.1741	-0.0147	-0.0446	0.1064	-0.0155	0.0272	0.2501	-0.008	0.0001	0.0492	-0.0049	0.0355	34.7244	100.3714	5.2951
8	0.5836	-0.0048	-0.1276	0.6336	0.2398	0.9871	0.0679	0.0433	0.0801	-0.1831	-0.0032	-0.0318	-0.283	-0.0356	-0.0647	0.2563	0.0098	-0.0157	0.0472	0.0232	0.0565	27.5013	129.0184	11.3526
9	0.2466	-0.1307	-0.2824	1.727	-0.3771	2.1781	0.0156	0.0202	-0.028	-0.0952	-0.017	0.2555	-0.0543	-0.313	0.0015	0.0483	-0.0264	-0.0634	0.1813	-0.0162	0.1231	9.032	106.6044	19.704
10	0.9646	0.3029	-0.0007	0.8704	-0.0888	0.6493	-0.0981	0.0436	0.0162	-0.1518	0.0677	-0.0537	0.2763	0.0706	0.0304	0.2169	0.0515	0.0269	0.0573	-0.0144	0.0565	47.2068	79.3242	24.771
11	0.8319	-0.0553	0.033	0.9935	0.3872	1.1734	-0.0603	-0.1314	-0.0013	0.1304	0.0126	-0.0573	0.3859	0.1178	0.0477	0.1917	0.1108	0.007	0.1038	0.0149	0.0501	49.6766	81.4068	54.7751
12	0.6926	-0.0143	-0.0735	1.7177	-0.706	1.4554	-0.0701	-0.1144	0.0423	0.0844	0.0723	-0.2804	0.0069	0.3821	-0.0022	0.0338	0.0685	0.0002	0.2602	-0.066	0.2054	69.4253	95.4899	36.8025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-10 - 9999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-10 - 9999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-10 - 9999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-10 - 9999
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-10 - 9999
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)