[日本語] English
万見
- PDB-3qj4: Crystal structure of Human Renalase (isoform 1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qj4
タイトルCrystal structure of Human Renalase (isoform 1)
要素Renalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD/NAD(P)-binding Rossmann fold Superfamily / Flavin containing amine oxidoreductase / Monoamine oxidase / NAD / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


renalase / epinephrine binding / monoamine oxidase activity / response to epinephrine / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / NADH binding / : / response to salt / Nicotinamide salvaging / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...renalase / epinephrine binding / monoamine oxidase activity / response to epinephrine / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / NADH binding / : / response to salt / Nicotinamide salvaging / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / negative regulation of heart rate / negative regulation of blood pressure / response to ischemia / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Renalase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Milani, M. / Ciriello, F. / Baroni, S. / Pandini, V. / Aliverti, A. / Canevari, G. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: FAD-binding site and NADP reactivity in human renalase: a new enzyme involved in blood pressure regulation
著者: Milani, M. / Ciriello, F. / Baroni, S. / Pandini, V. / Canevari, G. / Bolognesi, M. / Aliverti, A.
履歴
登録2011年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Renalase
B: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6027
ポリマ－75,7422
非ポリマー1,8595
水2,306128
1
A: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8494
ポリマ－37,8711
非ポリマー9783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7533
ポリマ－37,8711
非ポリマー8822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.837, 86.593, 93.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Renalase / Monoamine oxidase-C / MAO-C


分子量: 37871.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNLS / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5VYX0, 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NATURAL VARIANT, SEE UNP DATABASE RNLS_HUMAN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.39 Å / Num. all: 25082 / Num. obs: 29646 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 45.16 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Num. possible: 3770

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KKJ

3kkj


解像度: 2.5→28.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9218 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 1284 5.14 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
all0.2192 29510 --
obs0.2192 24995 --
原子変位パラメータBiso max: 136.11 Å2 / Biso mean: 52.77 Å2 / Biso min: 18.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.3297 Å20 Å2-3.1899 Å2
2---17.8108 Å20 Å2
3---7.4811 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.369 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5181 0 121 128 5430
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1866SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes812HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5444HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion18HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion708SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5632SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5444HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7411HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.59
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 137 4.76 %
Rwork0.223 2739 -
all0.225 2876 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8253-0.2547-0.62860.82660.68983.2044-0.0777-0.0395-0.0212-0.06610.07260.0077-0.10.26610.0050.08670.02360.00030.04130.03810.141214.5045-6.468920.885
23.0485-0.3076-0.31470.8660.50922.7339-0.0627-0.4608-0.0713-0.09130.142-0.043-0.10710.0674-0.07930.06960.00710.00570.26330.0940.086329.566236.905126.7451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A 1 - A 341, A 4010
2X-RAY DIFFRACTION2B 2 - B 341, B 4010

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る