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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qir | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PIWIL2 PAZ domain | ||||||
![]() | Piwi-like protein 2 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / PAZ domain / RNAi / RNA binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() siRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / perinucleolar chromocenter / PET complex / pi-body / secondary piRNA processing / : / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / retrotransposon silencing by mRNA destabilization / retrotransposon silencing by heterochromatin formation / positive regulation of meiosis I ...siRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / perinucleolar chromocenter / PET complex / pi-body / secondary piRNA processing / : / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / retrotransposon silencing by mRNA destabilization / retrotransposon silencing by heterochromatin formation / positive regulation of meiosis I / piRNA binding / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of circadian rhythm / chromatoid body / dense body / positive regulation of cytoplasmic translation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / oogenesis / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / rhythmic process / spermatogenesis / mRNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, A. / Xu, C. / Bian, C. / Wernimont, A.K. / Kania, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of PIWIL2 PAZ domain 著者: Xu, C. / Dong, A. / Bian, C. / Wernimont, A.K. / Kania, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Min, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17425.859 Da / 分子数: 4 / 断片: PAZ domain, rsidues 386-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M NaI, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28286 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→100 Å / Num. all: 24387 / Num. obs: 24387 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 72.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 38.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1112 / Rsym value: 0.854 / % possible all: 93.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 83.44 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.573 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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