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- PDB-3qir: Crystal structure of PIWIL2 PAZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qir
タイトルCrystal structure of PIWIL2 PAZ domain
要素Piwi-like protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / PAZ domain / RNAi / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


perinucleolar chromocenter / pi-body / PET complex / transposable element silencing by mRNA destabilization / secondary piRNA processing / positive regulation of meiosis I / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation ...perinucleolar chromocenter / pi-body / PET complex / transposable element silencing by mRNA destabilization / secondary piRNA processing / positive regulation of meiosis I / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / piRNA processing / germ-line stem cell population maintenance / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of circadian rhythm / chromatoid body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / dense body / positive regulation of cytoplasmic translation / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / oogenesis / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / rhythmic process / spermatogenesis / hydrolase activity / mRNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / Piwi, N-terminal domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi ...paz domain / Piwi, N-terminal domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Piwi-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, C. / Bian, C. / Wernimont, A.K. / Kania, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PIWIL2 PAZ domain
著者: Xu, C. / Dong, A. / Bian, C. / Wernimont, A.K. / Kania, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Min, J.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi-like protein 2
B: Piwi-like protein 2
C: Piwi-like protein 2
D: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7034
ポリマ－69,7034
非ポリマー00
水00
1
A: Piwi-like protein 2

A: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8522
ポリマ－34,8522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1970 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
2
B: Piwi-like protein 2
C: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8522
ポリマ－34,8522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
3
D: Piwi-like protein 2

D: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8522
ポリマ－34,8522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area2310 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.548, 139.291, 224.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Piwi-like protein 2 / Cancer/testis antigen 80 / CT80


分子量: 17425.859 Da / 分子数: 4 / 断片: PAZ domain, rsidues 386-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIWIL2, HILI / プラスミド: pet28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon plus RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q8TC59

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaI, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28286 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28286 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→100 Å / Num. all: 24387 / Num. obs: 24387 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 72.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1112 / Rsym value: 0.854 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→43.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9181 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8984 / Isotropic thermal model: 3O7X / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 1006 4.15 %RANDOM
Rwork0.2416 ---
all0.2428 24387 --
obs0.2428 24246 --
原子変位パラメータBiso mean: 83.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.9174 Å20 Å20 Å2
2---4.3153 Å20 Å2
3---21.2326 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.573 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3290 0 0 0 3290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0133592
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0845792
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10722
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes852
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4965
X-RAY DIFFRACTIONt_it335920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4665
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact34814
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.56 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3007 123 4.51 %
Rwork0.2789 2607 -
all0.2798 2730 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0666-0.4603-2.89062.1619-0.42517.4745-0.55660.3720.2184-0.12290.53180.33931.0885-0.50410.02480.2837-0.3040.00450.00690.068-0.3602-1.9905-34.224340.7769
21.4469-0.4212.82020.72971.53249.69280.4899-0.0735-0.05730.0522-0.0234-0.13460.68710.0319-0.46650.0193-0.10960.0125-0.2010.0136-0.185.7705-18.151515.0225
31.1546-1.58073.55491.0555-3.25068.7080.53260.2286-0.0698-0.5456-0.29660.27120.34340.7202-0.23590.05080.19740.027-0.1827-0.0228-0.23790.0774-16.402-16.4003
40.4399-0.02283.61560.80490.55918.2761-0.0880.1793-0.03130.02140.04580.0113-0.11410.44080.0422-0.12490.077-0.0321-0.1352-0.0186-0.0957-16.9165-0.3998-39.0422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }0
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }0
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }0
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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