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- PDB-3qik: Crystal structure of the first PDZ domain of PREX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qik
タイトルCrystal structure of the first PDZ domain of PREX1
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
キーワードHYDROLASE REGULATOR / pdz domain / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of signaling / regulation of dendrite development / regulation of actin filament polymerization / neutrophil activation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / superoxide metabolic process / NRAGE signals death through JNK / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle ...regulation of signaling / regulation of dendrite development / regulation of actin filament polymerization / neutrophil activation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / superoxide metabolic process / NRAGE signals death through JNK / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / T cell differentiation / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / neutrophil chemotaxis / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / dendritic shaft / phospholipid binding / G alpha (12/13) signalling events / growth cone / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the first PDZ domain of PREX1
著者: Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5199
ポリマ－11,5191
非ポリマー08
水28816
1
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein

A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,03918
ポリマ－23,0392
非ポリマー016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area2480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.135, 78.135, 54.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein / P-Rex1 / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 1


分子量: 11519.360 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 607-706 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREX1, KIAA1415 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8TCU6
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.270.4
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.21.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 6.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.61.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate. Soaked for 6 hours in 0.01 M potassium hexaiodoplatin-(IV)-ate and mother liquor, pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT11.5418
回転陽極RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS1IMAGE PLATE2011年1月11日
RIGAKU SATURN A2002CCD2011年1月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→25 Å / Num. obs: 8971 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.919 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.27-2.3510.40.6748700.965100
2.35-2.4510.50.5688700.94100
2.45-2.5610.50.4298991.02100
2.56-2.6910.60.38891.091100
2.69-2.8610.60.2128821.309100
2.86-3.0810.60.1498911.65100
3.08-3.3910.60.0938882.462100
3.39-3.8810.40.0718993.173100
3.88-4.8810.30.0549173.446100
4.88-259.90.049663.064100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.285→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.264 / WRfactor Rwork: 0.231 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.796 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. Programs phaser, dm, arp/warp were also used during density improvement and model refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2691 422 4.74 %RANDOM
Rwork0.2424 ---
obs0.244 8903 98.944 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 59.78 Å2 / Biso mean: 33.465 Å2 / Biso min: 26.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.279 Å20.64 Å20 Å2
2--1.279 Å20 Å2
3----1.919 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.285→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数781 0 8 16 805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.9921084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8131355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7165104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24724.57135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42215149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.913156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6611.5508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0991.5205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3072820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7933293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1774.5262
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.285-2.3440.417360.37854262991.892
2.344-2.4070.441360.33459863699.686
2.407-2.4760.307290.33459462599.68
2.476-2.5510.297320.33155058499.658
2.551-2.6330.304230.30357460299.169
2.633-2.7240.237150.30354155999.463
2.724-2.8250.398270.27849352698.859
2.825-2.9370.22250.26450553599.065
2.937-3.0650.319250.26148150899.606
3.065-3.2110.274180.28145647998.956
3.211-3.380.276200.23344847199.363
3.38-3.5780.261230.231400423100
3.578-3.8170.248250.23740142799.766
3.817-4.110.38100.21237538699.741
4.11-4.4830.207170.19934135999.721
4.483-4.9810.145140.18732333999.41
4.981-5.6940.248130.20927429098.966
5.694-6.8360.356160.25124726499.621
6.836-9.1480.277110.238199210100
9.148-200.18870.203139146100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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