PDB-3qhz: Crystal Structure of human anti-influenza Fab 2D1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qhz

タイトル

Crystal Structure of human anti-influenza Fab 2D1

要素

Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain
Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Immune recognition / Influenza A hemagglutinin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2011
タイトル: An insertion mutation that distorts antibody binding site architecture enhances function of a human antibody.
著者: Krause, J.C. / Ekiert, D.C. / Tumpey, T.M. / Smith, P.B. / Wilson, I.A. / Crowe, J.E.

履歴

登録	2011年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qhz.cif.gz	359.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qhz.ent.gz	293.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qhz_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qhz_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	3qhz_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	3qhz_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qhfC 3lzfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4r7n-8 6w5d-1 1nd0-6 4odu-2 1ynl-d 4yx2-2 5m6a-2 2fbj-d 6dca-1 6c5k-2 5ig7-2 5t4z-2 6nb5-2 5bk5-4 2f5a-d 4xbe-d 4xbg-2 5ud9-d 5cp7-3 1dqq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain

L: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

I: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain

M: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain

L: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
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2

I: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain

M: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.920, 80.940, 77.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain 分子量: 24970.133 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Heavy Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Immunoglobulin gamma / プラスミド: pEE6.4 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain 分子量: 22812.109 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Immunoglobulin lambda / プラスミド: pEE12.4 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 22% PEG 4000 and 150 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 121518 / % possible obs: 98.7 %
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LZF (chains H and L)

3lzf

解像度: 1.55→28.085 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2062	6065	5.01 %	Random
R_work	0.1796	-	-	-
obs	0.1809	120972	98.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.464 Å² / k_sol: 0.423 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.3363 Å²	0 Å²	0.1481 Å²
2-	-	0.0342 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.3021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6469	0	0	939	7408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	9488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.368	2487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1107
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.3087	183	0.3179	3719	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5676-1.5861	0.3534	198	0.3181	3687	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5861-1.6054	0.3587	215	0.2991	3680	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6054-1.6257	0.2853	198	0.2543	3692	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6257-1.6471	0.289	199	0.2331	3657	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6471-1.6697	0.2766	199	0.2341	3634	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6697-1.6935	0.2727	224	0.2371	3786	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6935-1.7188	0.2237	193	0.2106	3825	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7188-1.7457	0.2337	198	0.2087	3846	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7457-1.7743	0.2514	191	0.2075	3872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.8049	0.2541	193	0.2219	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.8377	0.2194	204	0.2023	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8377-1.873	0.2367	201	0.2023	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.873-1.9112	0.2085	203	0.1972	3849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9112-1.9528	0.241	226	0.2092	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9528-1.9982	0.1954	200	0.1799	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9982-2.0482	0.1902	205	0.1759	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0482-2.1035	0.2244	177	0.1919	3931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1035-2.1654	0.2253	205	0.1768	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1654-2.2353	0.1862	205	0.1688	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2353-2.3151	0.2096	219	0.1793	3873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3151-2.4078	0.1951	232	0.1716	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4078-2.5173	0.2036	180	0.167	3888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5173-2.6499	0.18	220	0.1715	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.8158	0.2102	194	0.1714	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8158-3.0329	0.1863	198	0.1665	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0329-3.3377	0.1898	224	0.1715	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3377-3.8197	0.2036	196	0.1655	3894	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8197-4.8084	0.1532	184	0.1367	3867	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8084-28.0901	0.2083	201	0.1846	3813	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9674	-0.4976	-0.3637	1.3934	-0.3554	0.8201	-0.0395	0.0641	-0.067	-0.1451	0.0357	0.0513	0.0242	-0.0865	0.0102	0.2629	-0.001	-0.0008	0.0307	-0.004	0.0309	-7.976	-25.5792	44.8558
2	1.2639	0.522	0.026	1.2626	0.0652	0.6357	0.0301	0.0381	0.2205	0.0166	-0.0393	0.2826	-0.0524	-0.0666	0.0057	0.3017	0.0337	0.0012	0.1029	0.0008	0.1471	-17.8004	-20.2557	74.9023
3	0.2863	0.1513	0.2435	2.0169	-0.0829	0.3132	-0.0038	0.0031	0.0082	-0.086	-0.0334	-0.08	-0.035	-0.0234	0.0271	0.3084	0.013	0.0033	0.0511	-0.0014	0.0412	-8.6957	-4.3471	42.2603
4	0.7008	0.0111	-0.1043	3.0653	0.1217	0.9157	0.0118	-0.0252	-0.0149	0.0171	0.0095	-0.1779	0.0538	-0.0509	-0.0304	0.2697	-0.0054	0.0306	0.0612	0.0189	0.0531	-9.1574	-7.6401	80.439
5	0.8116	-0.0355	-0.295	0.7668	0.0976	1.075	-0.122	-0.0147	0.0114	0.034	0.1	0.0305	-0.07	-0.0836	0.0394	0.3095	-0.0037	-0.024	0.1013	-0.02	0.0848	23.0231	5.0115	69.1011
6	0.864	-0.0441	0.602	1.5173	0.4377	1.0715	0.0472	-0.0621	-0.0544	-0.2319	-0.028	-0.0288	-0.1166	-0.1969	-0.0099	0.3055	-0.0169	-0.0238	0.0892	-0.005	0.0477	22.8761	0.3403	38.3484
7	0.9484	0.36	0.0199	3.8912	-0.6682	0.2207	0.0516	-0.0864	0.0525	0.4255	-0.0186	0.1058	-0.0613	-0.0502	-0.0378	0.2596	-0.0216	0.008	0.0733	-0.0096	0.0538	21.0466	-16.0539	71.5693
8	0.6308	-0.4409	-0.0641	1.3438	0.2998	0.6435	0.0704	0.0353	0.0301	-0.0933	0.0063	-0.0311	0.0829	-0.0451	-0.0631	0.3608	-0.025	-0.0156	0.07	0.0116	0.0509	33.2961	-12.677	35.6546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and (resid 1:127)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and (resid 128:250)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L and (resid 1:112)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L and (resid 113:250)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain I and (resid 1:127)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain I and (resid 128:250)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain M and (resid 1:112)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain M and (resid 113:250)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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