+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qhr | ||||||
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Title | Structure of a pCDK2/CyclinA transition-state mimic | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/PROTEIN BINDING / kinase catalytic domain / protein kinase / Cyclin / Phosphorylated Thr-160 / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / G2 Phase / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Degradation ...G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / G2 Phase / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Processing of DNA double-strand break ends / Orc1 removal from chromatin / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / mitotic cell cycle phase transition / Ub-specific processing proteases / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of DNA biosynthetic process / cochlea development / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / cyclin-dependent protein kinase activity / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of DNA replication / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / cellular response to nitric oxide / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / cyclin-dependent kinase / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cajal body / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / : / cyclin binding / post-translational protein modification / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / cellular response to estradiol stimulus / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Meiotic recombination / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / cellular response to hypoxia / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / peptidyl-serine phosphorylation / DNA replication / Ras protein signal transduction Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.17 Å | ||||||
Authors | Young, M.A. / Jacobsen, D.M. / Bao, Z.Q. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2011 Title: Briefly Bound to Activate: Transient Binding of a Second Catalytic Magnesium Activates the Structure and Dynamics of CDK2 Kinase for Catalysis. Authors: Bao, Z.Q. / Jacobsen, D.M. / Young, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qhr.cif.gz | 501 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qhr.ent.gz | 408.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qhr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 33981.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CDK2 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase #2: Protein | Mass: 29836.354 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 163-422 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Ccna2, Ccna, Cyca / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P51943 |
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-Protein/peptide , 1 types, 4 molecules JKLM
#3: Protein/peptide | Mass: 1143.483 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: Optimal substrate sequence |
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-Non-polymers , 6 types, 628 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 22% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 20mM MgCl2, 100mM HEPES pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond laue / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.17→37.805 Å / Num. all: 83902 / Num. obs: 83902 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.9 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: UNPUBLISHED STRUCTURE Resolution: 2.17→37.805 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.7 / σ(F): 0 / Phase error: 22.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.53 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.17→37.805 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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