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万見
- PDB-3qf6: Neutron structure of type-III Antifreeze Protein allows the recon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qf6
タイトルNeutron structure of type-III Antifreeze Protein allows the reconstruction of AFP-ice interface
要素Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / Ice Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
類似検索 - 構成要素
生物種Macrozoarces americanus (魚類)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Howard, E.I. / Blakeley, M.P. / Haertlein, M. / Petit-Haertlein, I. / Mitschler, A. / Fisher, S.J. / Cousido-Siah, A. / Salvay, A.G. / Popov, A. / Muller-Dieckmann, C. ...Howard, E.I. / Blakeley, M.P. / Haertlein, M. / Petit-Haertlein, I. / Mitschler, A. / Fisher, S.J. / Cousido-Siah, A. / Salvay, A.G. / Popov, A. / Muller-Dieckmann, C. / Petrova, T. / Podjarny, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2011
タイトル: Neutron structure of type-III antifreeze protein allows the reconstruction of AFP-ice interface.
著者: Howard, E.I. / Blakeley, M.P. / Haertlein, M. / Petit-Haertlein, I. / Mitschler, A. / Fisher, S.J. / Cousido-Siah, A. / Salvay, A.G. / Popov, A. / Muller-Dieckmann, C. / Petrova, T. / Podjarny, A.
履歴
登録2011年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0171
ポリマ－7,0171
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.729, 39.123, 46.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type-3 ice-structuring protein HPLC 12 / Antifreeze protein QAE(HPLC 12) / ISP type III HPLC 12


分子量: 7017.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macrozoarces americanus (魚類) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19614
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 9% d8-glycerol, 50mM sodium acetate, pD 5.2, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ILL / ビームライン: LADI III / 波長: 3.18-4.22
検出器タイプ: LADI III / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月23日
放射モノクロメーター: NiTi Multilayer Filter / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.181
24.221
反射解像度: 1.85→29.95 Å / Num. obs: 4803 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 12.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 544 / % possible all: 71.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
QLDデータ収集
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→29.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8777 / SU ML: 0.1
Isotropic thermal model: Isotropic H & D, Anisotropic heavy atoms
σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 480 8.68 %RANDOM
Rwork0.1618 ---
all0.1674 ---
obs0.1674 4792 89.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.598 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 74.07 Å2 / Biso mean: 16.053 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5698 Å20 Å20 Å2
2--1.9118 Å2-0 Å2
3---6.0885 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数478 0 0 73 551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0121211
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.3532063
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07896
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.007175
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.468299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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