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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qdl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RdxA from Helicobacter pyroli | ||||||
要素 | Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Rojas, A.L. / Martinez-Julvez, M. / Olekhnovich, I.N. / Hoffman, P.S. / Sancho, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2012 タイトル: Structure of RdxA--an oxygen-insensitive nitroreductase essential for metronidazole activation in Helicobacter pylori. 著者: Martinez-Julvez, M. / Rojas, A.L. / Olekhnovich, I. / Espinosa Angarica, V. / Hoffman, P.S. / Sancho, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qdl.cif.gz | 152.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qdl.ent.gz | 118.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qdl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1icrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24101.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: rdxA, HP_0954 / プラスミド: pET15brdxA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25608 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 5.5 % / Av σ(I) over netI: 3.6 / 数: 266704 / Rsym value: 0.145 / D res high: 2 Å / D res low: 76.12 Å / Num. obs: 48813 / % possible obs: 99.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2→76.12 Å / Num. all: 48813 / Num. obs: 48813 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1,2
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 53 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1icr 解像度: 2→76.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2337 / WRfactor Rwork: 0.1992 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8542 / SU B: 2.964 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.0403 / SU Rfree: 0.0335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.8 Å2 / Biso mean: 19.935 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→76.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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