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- PDB-3qd0: Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) kinase domain with (2R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qd0
タイトルPhosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) kinase domain with (2R,5S)-1-[2-Amino-6-(3-amino-1H-indazol-6-yl)-4-pyrimidinyl]-6-methyl-N-phenyl-3-piperidinecarboxamide
要素3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase domain / AGC kinase / signal transduction / Phosphoinositide / Phosphorylation on S241 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell costimulation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / calcium-mediated signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to insulin stimulus / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of angiogenesis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Regulation of TP53 Degradation / cell migration / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / protein autophosphorylation / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3Q4 / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. ...Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. / Scherzer, D. / Shu, A. / Bobko, M.A. / Chadderton, A.R. / Dumble, M. / Gradiner, C.M. / Gilbert, S. / Liu, Q. / Rabindran, S.K. / Sudakin, V. / Xiang, H. / Brady, P.G. / Campobasso, N. / Ward, P. / Axten, J.M.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure-Based Design of Potent and Selective 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) Inhibitors.
著者: Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. / Scherzer, D. / Shu, A. / Bobko, M.A. / ...著者: Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. / Scherzer, D. / Shu, A. / Bobko, M.A. / Chadderton, A.R. / Dumble, M. / Gardiner, C.M. / Gilbert, S. / Liu, Q. / Rabindran, S.K. / Sudakin, V. / Xiang, H. / Brady, P.G. / Campobasso, N. / Ward, P. / Axten, J.M.
#1: ジャーナル: ACS Med. Chem. Lett. / 年: 2010
タイトル: Aminoindazole PDK1 Inhibitors: A Case Study in Fragment-Based Drug Discovery
著者: Medina, J.R. / Blackledge, C.W. / Heerding, D.A. / Campobasso, N. / Ward, P. / Briand, J. / Wright, L. / Axten, J.M.
履歴
登録2011年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,03612
ポリマ－35,6531
非ポリマー1,38311
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.943, 123.943, 46.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 / hPDK1


分子量: 35652.852 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, residues 48-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK1, PDPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-3Q4 / (3S,6R)-1-[2-amino-6-(3-amino-2H-indazol-6-yl)pyrimidin-4-yl]-6-methyl-N-phenylpiperidine-3-carboxamide


分子量: 442.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N8O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.9-2 M ammonium sulfate,0.1 M tris pH 9. and 5mM ATP; 15-30% glycerol plus mother liquor mixed with inhibitor served as the cryo-protectant before being frozen in liquid nitrogen, Vapor ...詳細: 1.9-2 M ammonium sulfate,0.1 M tris pH 9. and 5mM ATP; 15-30% glycerol plus mother liquor mixed with inhibitor served as the cryo-protectant before being frozen in liquid nitrogen, Vapor diffusion. sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日 / 詳細: diamond
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 28688 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.131 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.99-2.038.60.66814371.237100
2.03-2.078.60.59813971.265100
2.07-2.118.60.52614491.33100
2.11-2.158.60.4114071.139100
2.15-2.28.80.34314071.053100
2.2-2.258.60.3414351.374100
2.25-2.318.70.29514081.45100
2.31-2.378.70.23814331.069100
2.37-2.448.90.20114271.111100
2.44-2.528.70.18214181.101100
2.52-2.618.80.16114251.096100
2.61-2.718.80.13514221.157100
2.71-2.848.80.10614491.006100
2.84-2.998.80.08614271.062100
2.99-3.178.80.07814391.036100
3.17-3.428.80.07914271.066100
3.42-3.768.80.07114421.064100
3.76-4.318.70.04814591.019100
4.31-5.428.60.03814600.997100
5.42-308.30.03515201.012100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→26.834 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1450 5.06 %
Rwork0.1886 --
obs0.1906 28628 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.173 Å2 / ksol: 0.432 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.27 Å2 / Biso mean: 31.2816 Å2 / Biso min: 15.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2904 Å2-0 Å20 Å2
2---0.2904 Å20 Å2
3---0.5809 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→26.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 88 79 2382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4043187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.413857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.06090.23841490.20052654280398
2.0609-2.14340.20891250.18527102835100
2.1434-2.24090.22151550.175426962851100
2.2409-2.35890.23471390.185926932832100
2.3589-2.50660.23411730.188226792852100
2.5066-2.70.25881530.186226862839100
2.7-2.97140.2271500.189127182868100
2.9714-3.40070.20771350.186127352870100
3.4007-4.28170.21911330.165727742907100
4.2817-26.83690.23841380.204228332971100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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