PDB-3qca: Crystal Structure of FAF1 UBX Domain In Complex with p97/VCP N Do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qca

タイトル

Crystal Structure of FAF1 UBX Domain In Complex with p97/VCP N Domain Reveals The Conserved FcisP Touch-Turn Motif of UBX Domain Suffering Conformational Change

要素

FAS-associated factor 1

キーワード

PROTEIN BINDING / UBX / FAF1

機能・相同性

機能・相同性情報

ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / CD95 death-inducing signaling complex / protein kinase regulator activity / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion / ERAD pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Kim, K.H. / Kang, W. / Suh, S.W. / Yang, J.K.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of human FAF1 UBX domain reveals a novel FcisP touch-turn motif in p97/VCP-binding region
著者: Kang, W. / Yang, J.K.

履歴

登録	2011年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qca.cif.gz	74.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qca.ent.gz	58.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qca_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qca_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	3qca_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	3qca_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qc8
類似構造データ	1poh-d 1u39-d 5oxh-d 4nj7-6 5xk5-d 5x3p-1 2vsp-3 2hj8-d 5ia7-2 2mz9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAS-associated factor 1

B: FAS-associated factor 1

C: FAS-associated factor 1

D: FAS-associated factor 1

39.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: FAS-associated factor 1

登録者が定義した集合体
9.84 kDa, 1 ポリマー
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2

B: FAS-associated factor 1

登録者が定義した集合体
9.84 kDa, 1 ポリマー
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3

C: FAS-associated factor 1

登録者が定義した集合体
9.84 kDa, 1 ポリマー
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4

D: FAS-associated factor 1

登録者が定義した集合体
9.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.730, 175.730, 175.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	PHE	PHE	3	A	A	573 - 608	7 - 42
2	1	VAL	VAL	PHE	PHE	3	B	B	573 - 608	7 - 42
3	1	VAL	VAL	PHE	PHE	3	C	C	573 - 608	7 - 42
4	1	VAL	VAL	PHE	PHE	3	D	D	573 - 608	7 - 42
1	2	PRO	PRO	ASP	ASP	6	A	A	609 - 611	43 - 45
2	2	PRO	PRO	ASP	ASP	6	B	B	609 - 611	43 - 45
3	2	PRO	PRO	ASP	ASP	6	C	C	609 - 611	43 - 45
4	2	PRO	PRO	ASP	ASP	6	D	D	609 - 611	43 - 45
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	3	A	A	612 - 616	46 - 50
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	3	B	B	612 - 616	46 - 50
3	3	GLU	GLU	LEU	LEU	3	C	C	612 - 616	46 - 50
4	3	GLU	GLU	LEU	LEU	3	D	D	612 - 616	46 - 50
1	4	SER	SER	ARG	ARG	6	A	A	617 - 621	51 - 55
2	4	SER	SER	ARG	ARG	6	B	B	617 - 621	51 - 55
3	4	SER	SER	ARG	ARG	6	C	C	617 - 621	51 - 55
4	4	SER	SER	ARG	ARG	6	D	D	617 - 621	51 - 55
1	5	ARG	ARG	LYS	LYS	3	A	A	622 - 637	56 - 71
2	5	ARG	ARG	LYS	LYS	3	B	B	622 - 637	56 - 71
3	5	ARG	ARG	LYS	LYS	3	C	C	622 - 637	56 - 71
4	5	ARG	ARG	LYS	LYS	3	D	D	622 - 637	56 - 71
1	6	LEU	LEU	PRO	PRO	6	A	A	638 - 640	72 - 74
2	6	LEU	LEU	PRO	PRO	6	B	B	638 - 640	72 - 74
3	6	LEU	LEU	PRO	PRO	6	C	C	638 - 640	72 - 74
4	6	LEU	LEU	PRO	PRO	6	D	D	638 - 640	72 - 74
1	7	GLN	GLN	ALA	ALA	3	A	A	641 - 648	75 - 82
2	7	GLN	GLN	ALA	ALA	3	B	B	641 - 648	75 - 82
3	7	GLN	GLN	ALA	ALA	3	C	C	641 - 648	75 - 82
4	7	GLN	GLN	ALA	ALA	3	D	D	641 - 648	75 - 82

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	FAS-associated factor 1 / hFAF1 / UBX domain-containing protein 12 / UBX domain-containing protein 3A 分子量: 9835.250 Da / 分子数: 4 / 断片: UBX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNN5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M Na Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 4A / 波長: 1 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.555
1	1	-K, -H, -L	2	0.445

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 10089 / Num. obs: 10089 / % possible obs: 99.9 %

反射シェル

解像度: 2.9→3.06 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 35.995 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29261	487	4.8 %	RANDOM
R_work	0.24675	-	-	-
all	0.24886	9593	-	-
obs	0.24886	9593	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2546	0	0	31	2577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.28	1.992	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.046	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.922	23.621	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.488	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.269	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.414	1.5	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.791	2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.915	3	992
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.703	4.5	930
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	B	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	C	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	D	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	136	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
1	B	136	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
1	C	136	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
1	D	136	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
1	A	144	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
1	B	144	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	C	144	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	D	144	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	A	136	LOOSE THERMAL	0.07	10
1	B	136	LOOSE THERMAL	0.06	10
1	C	136	LOOSE THERMAL	0.06	10
1	D	136	LOOSE THERMAL	0.08	10
2	A	29	LOOSE POSITIONAL	0.96	5
2	B	29	LOOSE POSITIONAL	0.73	5
2	C	29	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
2	D	29	LOOSE POSITIONAL	0.91	5
2	A	29	LOOSE THERMAL	2.23	10
2	B	29	LOOSE THERMAL	0.53	10
2	C	29	LOOSE THERMAL	0.9	10
2	D	29	LOOSE THERMAL	1.53	10
3	A	20	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	B	20	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	C	20	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	D	20	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	A	22	LOOSE POSITIONAL	0.09	5
3	B	22	LOOSE POSITIONAL	0.07	5
3	C	22	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
3	D	22	LOOSE POSITIONAL	0.07	5
3	A	20	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
3	B	20	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
3	C	20	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
3	D	20	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	A	22	LOOSE THERMAL	0.06	10
3	B	22	LOOSE THERMAL	0.06	10
3	C	22	LOOSE THERMAL	0.05	10
3	D	22	LOOSE THERMAL	0.07	10
4	A	31	LOOSE POSITIONAL	1.09	5
4	B	31	LOOSE POSITIONAL	0.93	5
4	C	31	LOOSE POSITIONAL	1.31	5
4	D	31	LOOSE POSITIONAL	1.04	5
4	A	31	LOOSE THERMAL	1.13	10
4	B	31	LOOSE THERMAL	2.32	10
4	C	31	LOOSE THERMAL	1.95	10
4	D	31	LOOSE THERMAL	3.31	10
5	A	44	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	B	44	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
5	C	44	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	D	44	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
5	A	40	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
5	B	40	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
5	C	40	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
5	D	40	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
5	A	44	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
5	B	44	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
5	C	44	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
5	D	44	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
5	A	40	LOOSE THERMAL	0.06	10
5	B	40	LOOSE THERMAL	0.06	10
5	C	40	LOOSE THERMAL	0.07	10
5	D	40	LOOSE THERMAL	0.05	10
6	A	15	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
6	B	15	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
6	C	15	LOOSE POSITIONAL	0.18	5
6	D	15	LOOSE POSITIONAL	0.13	5
6	A	15	LOOSE THERMAL	3.37	10
6	B	15	LOOSE THERMAL	1.01	10
6	C	15	LOOSE THERMAL	0.69	10
6	D	15	LOOSE THERMAL	4.14	10
7	A	32	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
7	B	32	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
7	C	32	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	D	32	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	A	34	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
7	B	34	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
7	C	34	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
7	D	34	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
7	A	32	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
7	B	32	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
7	C	32	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
7	D	32	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
7	A	34	LOOSE THERMAL	0.06	10
7	B	34	LOOSE THERMAL	0.04	10
7	C	34	LOOSE THERMAL	0.03	10
7	D	34	LOOSE THERMAL	0.03	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.404	26	-
R_work	0.362	710	-
obs	-	-	99.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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