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- PDB-3qbx: Crystal structure of pseudomonas aeruginosa 1,6-anhydro-n-actetyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbx
タイトルCrystal structure of pseudomonas aeruginosa 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (ANMK) bound to 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid
要素Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
キーワードTRANSFERASE / Acetate and sugar kinases / hsp70 / actin superfamily / kinase / 1 / 6-anhydro-n-actetylmuramic acid binding / glycoside hydrolase / atp-binding / carbohydrate metabolism / peptidoglycan recycling
機能・相同性
機能・相同性情報


anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AH0 / Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bacik, J.P. / Martin, D.R. / Mark, B.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis of 1,6-Anhydro Bond Cleavage and Phosphoryl Transfer by Pseudomonas aeruginosa 1,6-Anhydro-N-acetylmuramic Acid Kinase.
著者: Bacik, J.P. / Whitworth, G.E. / Stubbs, K.A. / Yadav, A.K. / Martin, D.R. / Bailey-Elkin, B.A. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L.
履歴
登録2011年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
B: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0106
ポリマ－80,2672
非ポリマー7434
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.480, 91.480, 173.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A2 - 654
2112B2 - 654

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要素

#1: タンパク質 Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / AnhMurNAc kinase


分子量: 40133.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: anmK, PA0666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5Q5, hexokinase
#2: 化合物 ChemComp-AH0 / 2-(2-ACETYLAMINO-4-HYDROXY-6,8-DIOXA-BICYCLO[3.2.1]OCT-3-YLOXY)-PROPIONIC ACID / 1,6-anhydro-N-acetylmuramic acid


分子量: 275.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M tri-Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
111.000H, 1.000K, L10.578
111.000H+1.000K, -1.000K, -L20.422
反射解像度: 2.1→46.68 Å / Num. all: 61441 / Num. obs: 47575 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 6974 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CQY

3cqy


解像度: 2.1→40.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.564 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21533 2055 4.3 %RANDOM
Rwork0.19332 ---
all0.19431 47575 --
obs0.19431 45429 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.43 Å20 Å20 Å2
2--8.43 Å20 Å2
3----16.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5332 0 48 166 5546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1261.9727519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.265713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42423.077234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35815807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6261546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.53553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80225628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2631962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0024.51890
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1411tight positional0.020.05
1194medium positional0.030.5
1411tight thermal0.070.5
1194medium thermal0.082
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 153 -
Rwork0.235 3328 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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