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- PDB-3qbk: Bromide-bound form of pharaonis halorhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbk
タイトルBromide-bound form of pharaonis halorhodopsin
要素Halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Retinal protein / ion pump / retinal / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIORUBERIN / BROMIDE ION / RETINAL / Halorhodopsin / :
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kouyama, T. / Kanada, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of an O-like blue form and an anion-free yellow form of pharaonis halorhodopsin
著者: Kanada, S. / Takeguchi, Y. / Murakami, M. / Ihara, K. / Kouyama, T.
履歴
登録2011年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
D: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,74014
ポリマ－92,9253
非ポリマー2,81511
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area27110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.150, 99.720, 99.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Halorhodopsin


分子量: 30975.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: STRAIN MK-1 WAS A HALORHODOPSIN-OVERPRODUCING MUTANT GENERATED FROM TYPE STRAIN D2160T.
由来: (天然) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 株: MK-1 / 参照: UniProt: Q3ITX1, UniProt: P15647*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN


分子量: 741.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Crystallization: 3.5 mg/ml halorhodopsin, 5mg/ml nonylglucoside, 2.8M ammonium sulfate, 0.1 M glycine, 0.1M NaCl Post-crystallization soaking: 0.1 M Sodium Bromide, 3 M ammonium sulfate, 0.1 ...詳細: Crystallization: 3.5 mg/ml halorhodopsin, 5mg/ml nonylglucoside, 2.8M ammonium sulfate, 0.1 M glycine, 0.1M NaCl Post-crystallization soaking: 0.1 M Sodium Bromide, 3 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes (pH7), 30% trehalose , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.9 Å / Num. all: 59789 / Num. obs: 58115 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7213 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A7K

3a7k


解像度: 2.2→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2669 2936 -RANDOM
Rwork0.2482 ---
obs0.2482 58105 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.4497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8 Å20 Å27.737 Å2
2---10.139 Å20 Å2
3---0.332 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5882 0 120 151 6153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006409
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.13455
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.61401
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79057
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7322
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.3642.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5tra.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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