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- PDB-3qao: The crystal structure of the N-terminal domain of a MerR-like tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qao
タイトルThe crystal structure of the N-terminal domain of a MerR-like transcriptional regulator from Listeria monocytogenes EGD-e
要素MerR-like transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / MerR family / DNA-binding / All-alpha / MerR/DNA-binding / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain ...TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.874 Å
データ登録者Tan, K. / Gu, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the N-terminal domain of a MerR-like transcriptional regulator from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Tan, K. / Gu, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MerR-like transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0477
ポリマ－29,4941
非ポリマー5536
水1,946108
1
A: MerR-like transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: MerR-like transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,09414
ポリマ－58,9882
非ポリマー1,10512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area8030 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.769, 56.769, 113.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-275-

HOH

詳細Experimentally unknown. It is predicted that the chain A and its symmetry-related molecule by the operator ( x-y+1,-y+2,-z+1/3 ) form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 MerR-like transcriptional regulator / Lmo0526 protein


分子量: 29494.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: lmo0526 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8Y9K1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Potassium Acetate, 20% (w/v) 3350, 10ug/ml chemtrypsin, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月6日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: SI 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.874→45.1 Å / Num. all: 17734 / Num. obs: 17734 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 875 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.874→45.088 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 893 5.11 %random
Rwork0.1934 ---
all0.1951 17474 --
obs0.1951 17474 97.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.997 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1922 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.1922 Å20 Å2
3----2.3843 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.874→45.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 36 108 1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9111679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.198498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8743-1.99180.26451560.22892558X-RAY DIFFRACTION93
1.9918-2.14560.26071380.19452755X-RAY DIFFRACTION97
2.1456-2.36150.24971600.19322780X-RAY DIFFRACTION99
2.3615-2.70310.2131520.20362799X-RAY DIFFRACTION99
2.7031-3.40550.24361500.18272822X-RAY DIFFRACTION99
3.4055-45.10130.211370.19272867X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.5649 Å / Origin y: 42.2498 Å / Origin z: 15.3471 Å
111213212223313233
T0.2479 Å2-0.0416 Å2-0.0008 Å2-0.162 Å20.0175 Å2--0.2041 Å2
L0.5964 °2-0.3573 °2-0.206 °2-1.2293 °20.7953 °2--1.1864 °2
S-0.1031 Å °-0.0796 Å °0.1038 Å °0.073 Å °0.1499 Å °0.0992 Å °-0.0375 Å °0.1018 Å °-0.0102 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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