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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9g
タイトルVQIVY segment from Alzheimer's tau displayed on 42-membered macrocycle scaffold
要素Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)
キーワードPROTEIN FIBRIL / beta sheet tetramer / beta strand
機能・相同性ACETIC ACID
機能・相同性情報
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Liu, C. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. / Nowick, J.S. / Cheng, P. / Zheng, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Characteristics of Amyloid-Related Oligomers Revealed by Crystal Structures of Macrocyclic beta-Sheet Mimics.
著者: Liu, C. / Sawaya, M.R. / Cheng, P.N. / Zheng, J. / Nowick, J.S. / Eisenberg, D.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5423
ポリマ－1,3891
非ポリマー1522
水21612
1
A: Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)
ヘテロ分子

A: Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)
ヘテロ分子

A: Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)
ヘテロ分子

A: Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,16612
ポリマ－5,5584
非ポリマー6098
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_635y+3/2,x-3/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_745-x+2,-y-1,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area3470 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area3400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.867, 32.867, 55.413
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cyclic pseudo-peptide VQIV(4BF)(ORN)(HAO)KL(ORN)


分子量: 1389.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: VQIVY segment from Alzheimer's tau displayed on 42-membered macrocycle scaffold
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Na/K phosphate pH 6.2, 35% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→80 Å / Num. obs: 1819 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.126.90.1041800.922197.8
2.12-2.216.90.0991750.735197.8
2.21-2.317.10.0881791.352197.8
2.31-2.4370.0811830.947199.5
2.43-2.587.20.0751861.015198.9
2.58-2.787.10.061890.876199
2.78-3.067.20.0541760.942199.4
3.06-3.517.20.041740.944198.3
3.51-4.427.30.0371880.9931100
4.42-807.10.0311891.007199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.691 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2027 61 5.7 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1804 1068 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.05 Å2 / Biso mean: 17.8411 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数93 0 10 12 115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3092.375122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.6451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.745363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5244.567
LS精密化 シェル解像度: 2.048→2.101 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 3 -
Rwork0.224 71 -
all-74 -
obs--96.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.8908 Å / Origin y: -19.4552 Å / Origin z: 18.8211 Å
111213212223313233
T0.0219 Å2-0.0104 Å20.0142 Å2-0.0098 Å20.0107 Å2--0.0535 Å2
L0.2897 °20.8297 °20.4296 °2--0.0291 °21.0281 °2--1.2383 °2
S0.0357 Å °-0.0206 Å °-0.0252 Å °0.0214 Å °-0.0636 Å °-0.0989 Å °0.0326 Å °0.0065 Å °0.0279 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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