PDB-3q8v: Crystal structure of Staphylococcus aureus nucleoside diphosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q8v

タイトル

Crystal structure of Staphylococcus aureus nucleoside diphosphate kinase complexed with UDP

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Ferridoxin fold / alpha-beta protein family / Nucleoside diphosphate kinases (NDKs) / a gamma phosphate / nucleoside triphosphates / nucleoside diphosphate / Nucleotide binding / Magnesium / Metal binding / Phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Srivastava, S.K. / Rajasree, K. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Conformational basis for substrate recognition and regulation of catalytic activity in Staphylococcus aureus nucleoside di-phosphate kinase.
著者: Srivastava, S.K. / Rajasree, K. / Gopal, B.

履歴

登録	2011年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q8v.cif.gz	466.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q8v.ent.gz	386.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q8v_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q8v_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3q8v_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	3q8v_validation.cif.gz	64.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q83SC 3q86C 3q89C 3q8uC 3q8yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q89-8 3q89-7 3q89-4 6agy-d 3q8y-8 3q89-2 3q89-6 5kk8-2 3q8y-7 3q8y-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

143 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nucleoside diphosphate kinase

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Nucleoside diphosphate kinase

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Nucleoside diphosphate kinase

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Nucleoside diphosphate kinase

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Nucleoside diphosphate kinase

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.665, 72.916, 102.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 1 - 149

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 17663.873 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: ndk, SACOL1509 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HFV4, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: microbatch crystallization / pH: 7.2 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 7.2, 30% PEG 3350, Microbatch Crystallization , temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月21日 / 詳細: VariMax
放射	モノクロメーター: CuK (Alpha) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→34.12 Å / Num. obs: 45083 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 41.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 6465 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q83

3q83

解像度: 2.5→32.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 21.514 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28286	2268	5 %	RANDOM
R_work	0.23031	-	-	-
obs	0.23296	42809	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.339 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9159	0	78	211	9448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.965	12773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.338	5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.124	23.795	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.964	15	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.66	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.581	1.5	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.109	2	9477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.8	3	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.064	4.5	3296

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	512	tight positional	0.06	0.05
B	512	tight positional	0.09	0.05
C	512	tight positional	0.06	0.05
D	512	tight positional	0.06	0.05
E	512	tight positional	0.06	0.05
F	512	tight positional	0.05	0.05
G	512	tight positional	0.06	0.05
H	512	tight positional	0.06	0.05
A	475	medium positional	0.06	0.5
B	475	medium positional	0.08	0.5
C	475	medium positional	0.06	0.5
D	475	medium positional	0.06	0.5
E	475	medium positional	0.06	0.5
F	475	medium positional	0.05	0.5
G	475	medium positional	0.06	0.5
H	475	medium positional	0.06	0.5
A	512	tight thermal	0.18	0.5
B	512	tight thermal	0.22	0.5
C	512	tight thermal	0.15	0.5
D	512	tight thermal	0.14	0.5
E	512	tight thermal	0.15	0.5
F	512	tight thermal	0.12	0.5
G	512	tight thermal	0.13	0.5
H	512	tight thermal	0.14	0.5
A	475	medium thermal	0.18	2
B	475	medium thermal	0.19	2
C	475	medium thermal	0.16	2
D	475	medium thermal	0.15	2
E	475	medium thermal	0.17	2
F	475	medium thermal	0.14	2
G	475	medium thermal	0.13	2
H	475	medium thermal	0.13	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	184	-
R_work	0.238	3085	-
obs	-	-	98.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7309	0.0586	0.377	1.0034	0.0626	0.7406	-0.0254	0.0157	0.2589	-0.0137	0.0393	0.2473	-0.0788	0.0831	-0.0139	0.1175	-0.0187	0.0145	0.0117	0.0007	0.2104	20.1317	-4.3367	5.547
2	2.4407	-0.0751	-0.0345	1.1594	0.2612	0.4383	0.0202	0.1324	-0.0802	-0.0724	0.0059	-0.0351	-0.0491	0.062	-0.0261	0.0796	0.0235	0.0089	0.0739	-0.0335	0.0403	40.9892	-28.6815	0.4702
3	1.5231	0.2333	0.0057	1.3151	-0.0264	1.1936	0.0096	-0.138	-0.3498	0.0656	0.0158	0.2511	0.1163	0.0294	-0.0253	0.1135	0.0174	-0.018	0.0266	0.0057	0.2496	23.621	-42.9699	9.313
4	1.3808	0.0219	-0.0255	1.3957	0.2213	1.0017	0.0755	-0.2779	0.1886	0.251	-0.0655	-0.0391	-0.0973	0.1426	-0.0099	0.1956	-0.0598	-0.0426	0.226	-0.0638	0.059	43.2235	-10.9068	27.5116
5	1.6789	0.0163	0.4526	1.1285	0.3123	1.1908	0.025	-0.3761	0.1173	0.261	-0.0388	0.3707	0.005	-0.1574	0.0138	0.0968	-0.0157	0.1004	0.1376	-0.0378	0.2731	5.6524	-17.6132	19.3284
6	1.7462	-0.3794	0.524	1.273	0.3313	0.9183	0.0278	-0.4608	-0.1356	0.414	-0.0541	0.1422	0.1243	-0.0898	0.0263	0.3412	-0.0498	0.0456	0.3428	0.0739	0.0472	30.1931	-28.3932	37.9071
7	1.6304	-0.0094	0.5308	0.9716	-0.2858	2.3799	-0.3334	0.2308	-0.3115	-0.2066	0.113	0.1846	0.2584	-0.2278	0.2205	0.2993	-0.1081	0.1011	0.4231	-0.0521	0.2974	67.1708	-35.7582	41.9382
8	0.933	0.0161	-0.6311	2.4986	0.1035	1.1708	-0.0621	0.2734	0.2464	-0.3713	-0.0421	0.1161	-0.3193	-0.3096	0.1042	0.393	-0.0354	-0.201	0.4376	0.0585	0.3132	73.2153	-6.4643	29.397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	88 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	88 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	86 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	86 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	88 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	88 - 149
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 85
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	86 - 149
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	86 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)