PDB-3q7k: Formate Channel FocA from Salmonella typhimurium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q7k

タイトル

Formate Channel FocA from Salmonella typhimurium

要素

Probable formate transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / transport / cytoplasmic membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

formate transport / formate transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lue, W. / Du, J. / Wacker, T. / Gerbig-Smentek, E. / Andrade, S.L.A. / Einsle, O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: pH-dependent gating in a FocA formate channel
著者: Lu, W. / Du, J. / Wacker, T. / Gerbig-Smentek, E. / Andrade, S.L. / Einsle, O.

履歴

登録	2011年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q7k.cif.gz	465 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q7k.ent.gz	385.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/3q7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/3q7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kcuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3te0-d 3kcu-d 3tds-d 3tdo-d 3i2j-1 4ezc-d 3tdx-d 3te1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable formate transporter

B: Probable formate transporter

C: Probable formate transporter

D: Probable formate transporter

E: Probable formate transporter

G: Probable formate transporter

H: Probable formate transporter

I: Probable formate transporter

J: Probable formate transporter

K: Probable formate transporter

ヘテロ分子

321 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable formate transporter

B: Probable formate transporter

C: Probable formate transporter

D: Probable formate transporter

E: Probable formate transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Probable formate transporter

H: Probable formate transporter

I: Probable formate transporter

J: Probable formate transporter

K: Probable formate transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.951, 205.723, 106.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	THR	THR	2	B	B	37 - 91	37 - 91
2	1	1	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	1	TRP	TRP	GLY	GLY	2	B	B	114 - 266	114 - 266
2	2	1	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	2	LEU	LEU	THR	THR	2	C	C	37 - 91	37 - 91
2	1	2	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	2	TRP	TRP	GLY	GLY	2	C	C	114 - 266	114 - 266
2	2	2	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	3	LEU	LEU	THR	THR	2	D	D	37 - 91	37 - 91
2	1	3	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	3	TRP	TRP	GLY	GLY	2	D	D	114 - 266	114 - 266
2	2	3	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	4	LEU	LEU	THR	THR	2	E	E	37 - 91	37 - 91
2	1	4	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	4	TRP	TRP	GLY	GLY	2	E	E	114 - 266	114 - 266
2	2	4	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	5	LEU	LEU	THR	THR	2	G	F	37 - 91	37 - 91
2	1	5	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	5	TRP	TRP	GLY	GLY	2	G	F	114 - 266	114 - 266
2	2	5	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	6	LEU	LEU	THR	THR	2	H	G	37 - 91	37 - 91
2	1	6	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	6	TRP	TRP	GLY	GLY	2	H	G	114 - 266	114 - 266
2	2	6	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	7	LEU	LEU	THR	THR	2	I	H	37 - 91	37 - 91
2	1	7	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	7	TRP	TRP	GLY	GLY	2	I	H	114 - 266	114 - 266
2	2	7	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	8	LEU	LEU	THR	THR	2	J	I	37 - 91	37 - 91
2	1	8	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	8	TRP	TRP	GLY	GLY	2	J	I	114 - 266	114 - 266
2	2	8	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	9	LEU	LEU	THR	THR	2	K	J	37 - 91	37 - 91
2	1	9	LEU	LEU	THR	THR	2	A	A	37 - 91	37 - 91
1	2	9	TRP	TRP	GLY	GLY	2	K	J	114 - 266	114 - 266
2	2	9	TRP	TRP	GLY	GLY	2	A	A	114 - 266	114 - 266
1	1	10	ALA	ALA	LYS	LYS	4	A	A	13 - 33	13 - 33
2	1	10	ALA	ALA	LYS	LYS	4	J	I	13 - 33	13 - 33
1	1	11	ALA	ALA	LYS	LYS	4	C	C	13 - 33	13 - 33
2	1	11	ALA	ALA	LYS	LYS	4	J	I	13 - 33	13 - 33
1	1	12	ALA	ALA	LYS	LYS	4	H	G	13 - 33	13 - 33
2	1	12	ALA	ALA	LYS	LYS	4	J	I	13 - 33	13 - 33
1	1	13	ALA	ALA	LYS	LYS	4	B	B	14 - 33	14 - 33
2	1	13	ALA	ALA	LYS	LYS	4	K	J	14 - 33	14 - 33
1	1	14	ALA	ALA	LYS	LYS	4	D	D	14 - 33	14 - 33
2	1	14	ALA	ALA	LYS	LYS	4	K	J	14 - 33	14 - 33
1	1	15	ALA	ALA	LYS	LYS	4	I	H	14 - 33	14 - 33
2	1	15	ALA	ALA	LYS	LYS	4	K	J	14 - 33	14 - 33
1	1	16	PRO	PRO	THR	THR	4	G	F	31 - 34	31 - 34
2	1	16	PRO	PRO	THR	THR	4	E	E	31 - 34	31 - 34

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Probable formate transporter / Probable formate transporter (Formate channel) 分子量: 32061.805 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 株: CT18 / 遺伝子: focA, STY0974, t1960 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)C43 / 参照: UniProt: Q8XF76, UniProt: Q7CQU0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: PEG 400, lithium sulfate, sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.8 Å / Num. all: 100520 / Num. obs: 92780 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KCU

3kcu

解像度: 2.8→43.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 12.212 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25366	4664	5 %	RANDOM
R_work	0.21856	-	-	-
obs	0.22034	88073	92.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	-2.61 Å²
2-	-	-1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19100	0	39	12	19151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	19609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.837	1.948	26641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.649	5	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.094	23.382	621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.163	15	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.575	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.648	1.5	12459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.246	2	19975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.771	3	7150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.935	4.5	6666

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	B	743	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	B	832	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
1	B	743	MEDIUM THERMAL	0.2	2
2	C	832	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	C	743	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
2	C	832	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
2	C	743	MEDIUM THERMAL	0.2	2
3	D	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	D	743	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
3	D	832	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
3	D	743	MEDIUM THERMAL	0.21	2
4	E	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
4	E	743	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
4	E	832	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
4	E	743	MEDIUM THERMAL	0.23	2
5	G	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
5	G	743	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
5	G	832	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
5	G	743	MEDIUM THERMAL	0.23	2
6	H	832	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	H	743	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
6	H	832	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
6	H	743	MEDIUM THERMAL	0.24	2
7	I	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
7	I	743	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
7	I	832	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
7	I	743	MEDIUM THERMAL	0.2	2
8	J	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
8	J	743	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
8	J	832	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
8	J	743	MEDIUM THERMAL	0.19	2
9	K	832	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
9	K	743	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
9	K	832	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
9	K	743	MEDIUM THERMAL	0.2	2
10	A	154	MEDIUM POSITIONAL	0.86	0.5
10	A	154	MEDIUM THERMAL	0.55	2
11	C	154	MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
11	C	154	MEDIUM THERMAL	0.53	2
12	H	154	MEDIUM POSITIONAL	0.85	0.5
12	H	154	MEDIUM THERMAL	0.46	2
13	B	149	MEDIUM POSITIONAL	1.9	0.5
13	B	149	MEDIUM THERMAL	0.41	2
14	D	136	MEDIUM POSITIONAL	0.96	0.5
14	D	136	MEDIUM THERMAL	0.48	2
15	I	149	MEDIUM POSITIONAL	1.93	0.5
15	I	149	MEDIUM THERMAL	0.56	2
16	G	31	MEDIUM POSITIONAL	0.78	0.5
16	G	31	MEDIUM THERMAL	0.58	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	363	-
R_work	0.281	6652	-
obs	-	-	94.27 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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