PDB-3q6t: Salivary protein from Lutzomyia longipalpis, Ligand free

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q6t

タイトル

Salivary protein from Lutzomyia longipalpis, Ligand free

要素

43.2 kDa salivary protein

キーワード

PROTEIN BINDING / beta propeller / ligand binding / serotonin / salivary gland

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lutzomyia longipalpis (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.93 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Xu, X. / Chang, B.W. / Collin, N. / Valenzuela, J.G. / Ribeiro, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and function of a "yellow" protein from saliva of the sand fly Lutzomyia longipalpis that confers protective immunity against Leishmania major infection.
著者: Xu, X. / Oliveira, F. / Chang, B.W. / Collin, N. / Gomes, R. / Teixeira, C. / Reynoso, D. / My Pham, V. / Elnaiem, D.E. / Kamhawi, S. / Ribeiro, J.M. / Valenzuela, J.G. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2011年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q6t.cif.gz	310.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q6t.ent.gz	269.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q6t_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q6t_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	3q6t_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	3q6t_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q6kC 3q6pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q6p-1 3q6k-2 6ier-d 1or6-d 5pml-d 5pk5-d 5pmt-d 5plp-d 4iji-3 3abx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 43.2 kDa salivary protein

B: 43.2 kDa salivary protein

ヘテロ分子

86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 43.2 kDa salivary protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 43.2 kDa salivary protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.385, 120.385, 248.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	43.2 kDa salivary protein 分子量: 43307.164 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 19-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lutzomyia longipalpis (昆虫) / 遺伝子: LJM11_Clu9 / プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5WPU9
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 10 % PEG 6000, 0.1M sodium citrate, 6 mM nickel chloride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月17日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.93→25 Å / Num. all: 23723 / Num. obs: 23723 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.93-2.98	14.6	0.647	1	100
2.98-3.03	14.5	0.601	1	100
3.03-3.09	14.5	0.53	1	100
3.09-3.16	14.6	0.407	1	100
3.16-3.22	14.5	0.348	1	100
3.22-3.3	14.5	0.268	1	100
3.3-3.38	14.4	0.234	1	100
3.38-3.47	14.5	0.182	1	100
3.47-3.57	14.4	0.153	1	100
3.57-3.69	14.4	0.122	1	100
3.69-3.82	14.3	0.107	1	100
3.82-3.97	14.3	0.09	1	100
3.97-4.15	14.2	0.076	1	100
4.15-4.37	14	0.072	1	100
4.37-4.64	13.8	0.068	1	99.9
4.64-5	13.5	0.067	1	100
5-5.5	13.2	0.063	1	100
5.5-6.28	13.2	0.058	1	99.9
6.28-7.87	12.8	0.04	1	100
7.87-25	12.2	0.03	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX	C	位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.93→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 37.931 / SU ML: 0.317 / SU R Cruickshank DPI: 0.3814 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24586	1215	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19384	-	-	-
obs	0.1965	22440	99.57 %	-
all	-	23723	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.579 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	-0.43 Å²	0 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.93→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6112	0	13	48	6173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.959	8517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.105	5	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.156	23.425	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.25	15	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.022	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	1.5	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.278	2	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.853	3	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.172	4.5	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.926→3.002 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	82	-
R_work	0.227	1618	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7643	0.1769	0.1831	1.5893	-0.1712	0.7593	-0.3243	-0.0725	-0.0729	0.2193	0.2714	-0.0812	-0.0095	0.0897	0.053	0.8134	0.2943	-0.25	0.2476	-0.0683	0.3232	83.0868	13.2164	31.6454
2	1.0168	-0.0877	-0.2608	1.0405	-0.0941	1.4196	-0.4594	0.0092	-0.0136	0.1021	0.1086	-0.0441	0.0965	0.0492	0.3508	0.8556	0.2759	0.2268	0.1315	0.1146	0.4869	84.0153	-30.7948	11.9927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 381
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	382 - 406
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 381
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	382
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	383 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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