PDB-3q6q: Crystal Structure of P Domain from Norwalk Virus Strain Vietnam 0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q6q

タイトル

Crystal Structure of P Domain from Norwalk Virus Strain Vietnam 026 in complex with disordered HBGA type Lea

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / P-Domain / Capsid / Receptor / Histo Blood Group Antigen (HBGA)

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Chen, L. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Katayama, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of GII.10 and GII.12 norovirus protruding domains in complex with histo-blood group antigens reveal details for a potential site of vulnerability.
著者: Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Chen, L. / Zhou, T. / Katayama, K. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2011年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q6q.cif.gz	267.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q6q.ent.gz	215 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q6q_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q6q_full_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示
XML形式データ	3q6q_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	3q6q_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3onuSC 3onyC 3pa1C 3pa2C 3q38C 3q39C 3q3aC 3q6rC 3r6jC 3r6kC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hza-d 3q39-d 6gw1-d 3q38-d 5bsy-d 4z4t-d 4z4z-d 6h9v-d 3q6r-d 4z4u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.150, 78.962, 69.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Asymmetric unit is also biological unit.

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34804.953 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 225-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 株: Vietnam 026 / 遺伝子: Capsid protein / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Imidazole, 8.25% (w/v) PEG 8000, 1% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月8日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→28.971 Å / Num. all: 123161 / Num. obs: 123161 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.83 % / B_iso Wilson estimate: 15.3 Å² / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 22.04
反射シェル	解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 3.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 8862 / R_sym value: 0.653 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER	(2.1.4)	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ONU

3onu

解像度: 1.43→28.971 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1884	6168	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1773	-	-	-
obs	0.1778	123157	96.63 %	-
all	-	123157	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.263 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0584 Å²	0 Å²	-1.47 Å²
2-	-	-1.8628 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.9211 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→28.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4829	0	84	753	5666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	6936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.004	1823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	918

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.43-1.4463	0.3297	172	0.3247	3823	3823	94
1.4463-1.4633	0.3109	216	0.2935	3778	3778	95
1.4633-1.4811	0.3125	219	0.2719	3789	3789	95
1.4811-1.4999	0.2829	217	0.2576	3770	3770	95
1.4999-1.5196	0.2506	206	0.2502	3840	3840	95
1.5196-1.5404	0.2487	200	0.2358	3820	3820	95
1.5404-1.5624	0.2471	195	0.2232	3821	3821	95
1.5624-1.5857	0.2176	187	0.2133	3880	3880	95
1.5857-1.6105	0.2639	215	0.2161	3847	3847	96
1.6105-1.6369	0.2731	215	0.2144	3802	3802	95
1.6369-1.6651	0.2156	219	0.2116	3862	3862	96
1.6651-1.6954	0.2395	217	0.2047	3859	3859	96
1.6954-1.728	0.1977	180	0.1918	3917	3917	96
1.728-1.7633	0.197	201	0.1861	3835	3835	96
1.7633-1.8016	0.2132	214	0.172	3920	3920	97
1.8016-1.8435	0.1638	205	0.1674	3847	3847	97
1.8435-1.8896	0.1686	204	0.1697	3919	3919	97
1.8896-1.9407	0.1983	232	0.1702	3894	3894	97
1.9407-1.9978	0.1751	199	0.1673	3901	3901	97
1.9978-2.0623	0.1781	198	0.1707	3958	3958	97
2.0623-2.1359	0.1858	181	0.1685	3976	3976	98
2.1359-2.2214	0.1755	211	0.1726	3925	3925	98
2.2214-2.3225	0.1589	223	0.167	3975	3975	98
2.3225-2.4449	0.1819	216	0.1617	3935	3935	98
2.4449-2.598	0.1697	199	0.1677	3955	3955	98
2.598-2.7984	0.1861	215	0.1745	3985	3985	98
2.7984-3.0797	0.188	195	0.1724	4002	4002	98
3.0797-3.5247	0.1768	190	0.1641	4012	4012	98
3.5247-4.4382	0.1478	224	0.1471	4022	4022	99
4.4382-28.9765	0.1771	203	0.1694	4120	4120	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1563	0.0477	0.1499	0.0814	0.0119	0.165	-0.004	0.0572	0.0178	-0.0297	0.0146	0.0213	-0.0907	0.0616	-0.0155	0.0551	-0.0017	0.0076	0.0227	-0.0082	0.002	8.3992	7.556	10.1152
2	0.1391	0.0012	-0.1141	0.1583	-0.0354	0.3887	0.023	-0.0158	0.0552	0.0673	0.0416	0.0159	-0.1342	-0.0145	-0.0434	0.1038	0.0069	0.0021	0.0539	0.001	0.0637	3.8585	13.6193	19.3391
3	0.0352	-0.0079	0.0088	0.1469	-0.0188	0.0064	-0.0069	0.0656	-0.0338	-0.1349	0.0365	0.0159	0.0049	0.0256	-0.0092	0.084	-0.0188	0.0306	0.0974	-0.0387	-0.0237	12.8438	-2.0562	-4.3308
4	0.1414	0.0634	0.1463	0.1309	0.0521	0.1575	0.0298	0.0443	-0.0526	0.0368	0.0123	-0.0762	0.0265	0.0473	-0.0365	-0.004	0.0001	-0.0167	0.0144	-0.0064	0.0511	20.2378	-5.7715	23.6592
5	0.4009	0.0551	0.1132	0.0237	-0.0132	0.1419	0.0237	-0.0232	-0.1798	0.0089	0.0239	0.0034	0.0887	-0.0271	-0.0611	0.0217	0.0115	-0.0333	-0.0329	0.0376	0.0491	9.4102	-12.4628	27.4506
6	0.0919	0.0837	0.1646	0.4878	0.1195	0.2968	0.0206	0.1176	-0.1205	0.0213	0.0438	-0.2772	-0.0139	0.0759	-0.064	-0.011	-0.0045	-0.0086	0.0702	-0.0461	0.1248	33.8808	2.4719	22.5837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 224:307)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 308:432)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 433:538)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 224:300)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 301:434)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 435:538)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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