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- PDB-3q6d: Xaa-Pro dipeptidase from Bacillus anthracis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q6d
タイトルXaa-Pro dipeptidase from Bacillus anthracis.
要素Proline dipeptidase
キーワードVIRAL PROTEIN / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase ...: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
X-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Xaa-Pro dipeptidase from Bacillus anthracis.
著者: Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月19日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline dipeptidase
B: Proline dipeptidase
C: Proline dipeptidase
D: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9769
ポリマ－155,7244
非ポリマー2525
水11,764653
1
A: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0633
ポリマ－38,9311
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9712
ポリマ－38,9311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9712
ポリマ－38,9311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9712
ポリマ－38,9311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.502, 107.912, 252.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Proline dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Xaa-Pro dipeptidase


分子量: 38931.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS4102, BA_4422, GBAA4422, GBAA_4422, pepQ1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q81M33, UniProt: A0A6L7GZS1*PLUS, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES buffer, 20% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→45.9 Å / Num. all: 113973 / Num. obs: 113973 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.96-1.993.50.5012.24189.5
1.99-2.033.70.427196.2
2.03-2.074.10.385198.5
2.07-2.114.80.336199
2.11-2.165.30.292199.1
2.16-2.215.30.251198.9
2.21-2.265.30.226198.9
2.26-2.325.30.197198.6
2.32-2.395.30.175198.6
2.39-2.475.30.156198.6
2.47-2.565.30.142198
2.56-2.665.30.127198.3
2.66-2.785.30.113197.6
2.78-2.935.30.103197.2
2.93-3.115.30.094196.8
3.11-3.355.30.083196.3
3.35-3.695.30.079198.3
3.69-4.225.40.079199.6
4.22-5.325.70.0671100
5.32-505.60.039198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WY2

1wy2


解像度: 1.97→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 10.308 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 5686 5 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.19816 107866 97.26 %-
all-113552 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.669 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10914 0 10 653 11577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02211436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.97115523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.941319080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44151519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17624.575518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.599152061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0751567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8681.57144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2561.52983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.485211564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4834292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9514.53906
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.966→2.017 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 382 -
Rwork0.274 7056 -
obs--87.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84510.07720.46971.0177-0.15990.73770.09560.00370.03290.2878-0.05390.09040.0684-0.0402-0.04170.1023-0.0170.01210.0477-0.00470.04913.510112.215540.1057
20.86690.9046-0.20691.728-0.43670.4534-0.08850.08160.0096-0.18250.1109-0.05810.1545-0.0102-0.02240.0563-0.0091-0.01580.0625-0.00110.049210.3563-2.326719.1364
30.884-0.13160.56761.37480.03382.04170.03590.0242-0.023-0.1411-0.1431-0.2057-0.00450.08450.10720.0470.06990.04150.11650.06770.06126.127266.377425.2962
40.3088-0.50730.08552.0684-0.10.5407-0.00160.0067-0.01280.21070.0880.142-0.0469-0.0267-0.08650.04030.01910.02550.05030.01740.124617.316350.935245.5022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 353
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 352
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 353

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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