+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q63 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray crystal structure of protein MLL2253 from Mesorhizobium loti, Northeast Structural Genomics Consortium Target MlR404. | ||||||
![]() | Mll2253 protein | ||||||
![]() | Structural Genomics / unknown function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / alpha-beta protein / Unknown / Structure Genomics / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Mll2253 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of protein MLL2253 from Mesorhizobium loti, Northeast Structural Genomics Consortium Target MlR404. 著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 154.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 492.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17757.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / pH: 5.5 詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution: 100mM BIS-TRIS pH 5.5, 25% PEG 3350, and 200mM Lithium sulfate monohydrate, Microbatch, under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 136539 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 14.82 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 6853 / Rsym value: 0.315 / % possible all: 96.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.6816 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 10
|