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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q61 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 3'-Fluoro Hexitol Nucleic Acid DNA Structure | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-FORM DNA / 3'-Fluoro Hexitol Nucleic Acid / FHNA / Antisense oligonucleotides | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Seth, P.R. / Allerson, C.R. / Prakash, T.P. / Siwkowski, A. / Berdeja, A. / Yu, J. / Pallan, P.S. / Watt, A.T. / Gaus, H. / Bhat, B. ...Seth, P.R. / Allerson, C.R. / Prakash, T.P. / Siwkowski, A. / Berdeja, A. / Yu, J. / Pallan, P.S. / Watt, A.T. / Gaus, H. / Bhat, B. / Egli, M. / Swayze, E.E. | ![]() ![]() タイトル: Synthesis, improved antisense activity and structural rationale for the divergent RNA affinities of 3'-fluoro hexitol nucleic acid (FHNA and Ara-FHNA) modified oligonucleotides. 著者: Egli, M. / Pallan, P.S. / Allerson, C.R. / Prakash, T.P. / Berdeja, A. / Yu, J. / Lee, S. / Watt, A. / Gaus, H. / Bhat, B. / Swayze, E.E. / Seth, P.P. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ey2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3077.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized oligonucleotide #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mM sodium cacodylate, 6 mM sodium chloride, 40 mM potassium chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride, 5% v/v MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→31.31 Å / Num. all: 7883 / Num. obs: 7849 / % possible obs: 99.56 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 40.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique all: 791 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3EY2 解像度: 1.56→31.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.745 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.373 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→31.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20
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