PDB-3q5y: V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q5y

タイトル

V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by TCR beta crystal structures

要素

TCR N15 beta

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IG / T cell receptor / antigen peptide/MHC / membrane

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chen, Q. / Zhang, H. / Wang, J.-H.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2011
タイトル: A conserved hydrophobic patch on Vbeta domains revealed by TCRbeta chain crystal structures: implications for pre-TCR dimerization
著者: Zhou, B. / Chen, Q. / Mallis, R.J. / Zhang, H. / Liu, J.H. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H.

履歴

登録	2010年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2014年10月15日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q5y.cif.gz	399.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q5y.ent.gz	341.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q5y_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q5y_full_validation.pdf.gz	502.7 KB	表示
XML形式データ	3q5y_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	3q5y_validation.cif.gz	70.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ko7-d 1l7c-4 7jpz-1 4pdk-d 5xtm-d 7aha-1 5rgu-1 5m9m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TCR N15 beta

B: TCR N15 beta

C: TCR N15 beta

D: TCR N15 beta

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TCR N15 beta

B: TCR N15 beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: TCR N15 beta

D: TCR N15 beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.182, 129.561, 129.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TCR N15 beta 分子量: 27425.729 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 % PEG 3350, 100 mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9794 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 98361 / Num. obs: 97771 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 5.93 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21777	5151	5 %	RANDOM
R_work	0.17825	-	-	-
all	0.1816	98361	-	-
obs	0.18022	-	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.783 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7696	0	80	939	8715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	8049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	6957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.122	1.939	10904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.596	3	16288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.551	5	967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.906	23.75	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.934	15	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.262	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.613	1.5	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.142	1.5	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	7745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.876	3	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.054	4.5	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	319	-
R_work	0.225	6742	-
obs	-	-	93.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2884	-0.2062	-0.1196	1.7964	-0.0332	4.8175	0.0615	-0.0168	0.1049	-0.103	-0.0462	-0.142	-0.1919	0.2185	-0.0153	0.0312	0.0081	0.0236	0.0308	-0.0062	0.087	29.152	-40.285	13.381
2	4.6517	1.2821	-1.0112	1.2898	-0.0946	1.5458	0.0191	-0.1045	0.0176	0.0327	0.0222	-0.0197	0.0234	0.0595	-0.0413	0.0505	0.0061	-0.0043	0.014	0.0074	0.0148	10.57	-49.737	37.718
3	2.0948	-0.1994	-0.8551	1.6572	-0.2548	4.1935	0.0705	-0.0125	-0.1597	-0.1733	-0.0668	0.2045	0.2134	-0.1678	-0.0037	0.0503	0.0063	-0.0457	0.019	-0.0046	0.1235	8.768	-28.375	14.527
4	4.3213	1.3649	0.4376	1.8737	-0.0354	2.0656	-0.0181	0.0507	0.0283	0.1053	-0.0179	0.028	-0.0191	-0.0765	0.036	0.0344	-0.005	0.0014	0.0105	-0.0084	0.0097	27.27	-18.545	39.108
5	1.7588	0.5674	0.039	3.9758	0.3953	1.8502	0.0098	0.148	-0.031	-0.1975	0.0396	0.1026	-0.0898	-0.1633	-0.0494	0.0256	0.0211	0.01	0.11	-0.0029	0.0279	-9.379	17.798	6.975
6	4.5356	-0.5873	1.6655	1.8954	-0.1708	2.1379	0.0336	-0.1008	-0.0339	0.0012	0.012	0.1073	0.1048	-0.1065	-0.0456	0.0238	-0.0121	-0.0037	0.0108	0.0089	0.0207	8.377	-7.52	15.909
7	1.7105	-0.1771	-0.1955	4.179	0.1117	2.0707	0.0878	-0.0916	-0.0259	0.2205	-0.0228	-0.1985	-0.1449	0.243	-0.065	0.0387	-0.0456	0.0053	0.1102	-0.0118	0.0372	11.157	19.006	-4.881
8	4.8488	0.9322	1.3593	1.8624	0.0207	1.6893	-0.004	0.0413	-0.0246	-0.0402	0.0164	-0.0688	0.0468	0.0345	-0.0123	0.042	-0.007	0.0034	0.0099	-0.0143	0.0251	-8.056	-4.189	-15.288

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	116 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	116 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	115 - 239

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)