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- PDB-3q5t: V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by T... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q5t | ||||||
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Title | V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by TCR beta crystal structures | ||||||
![]() | TCR N30 beta | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Q. / Zhang, H. / Wang, J.-H. | ||||||
![]() | ![]() Title: A conserved hydrophobic patch on V beta domains revealed by TCR beta chain crystal structures: Implications for pre-TCR dimerization. Authors: Zhou, B. / Chen, Q. / Mallis, R.J. / Zhang, H. / Liu, J.H. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 105.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 26981.932 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.8 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 20 % PEG 4000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Radiation | Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→20 Å / Num. all: 16208 / Num. obs: 16199 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.651 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.005→19.047 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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