PDB-3q5e: crystal structure of human Atlastin-1 (residues 1-447) bound to G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q5e

タイトル

crystal structure of human Atlastin-1 (residues 1-447) bound to GDP, crystal form 2

要素

Atlastin-1

キーワード

HYDROLASE / G protein / GTPase / GDP/GTP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / endoplasmic reticulum tubular network membrane / Golgi cis cisterna / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum organization / axonogenesis / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / axon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.013 Å

データ登録者

Byrnes, L.J. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the nucleotide-dependent dimerization of the large G protein atlastin-1/SPG3A.
著者: Byrnes, L.J. / Sondermann, H.

履歴

登録	2010年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q5e.cif.gz	654.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q5e.ent.gz	544.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q5e_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q5e_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3q5e_validation.xml.gz	65.5 KB	表示
CIF形式データ	3q5e_validation.cif.gz	87.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qof-2 5vgr-1 3qof-4 3k52-d 3qof-1 3k52-1 6jge-d 4czx-d 6tr4-2 6k6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Atlastin-1

C: Atlastin-1

E: Atlastin-1

G: Atlastin-1

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Atlastin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Atlastin-1

ヘテロ分子

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51.8 kDa, 1 ポリマー
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3

E: Atlastin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
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4

G: Atlastin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.394, 133.549, 175.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Atlastin-1 / Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide- ...Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide-binding protein 3 / Spastic paraplegia 3 protein A 分子量: 51318.109 Da / 分子数: 4 / 断片: G and middle domain, UNP residues 1-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATL1, GBP3, SPG3A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: Q8WXF7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3350 and 0.15 M ammonium phosphate dibasic, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 49019 / Num. obs: 48872 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.013→42.544 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2731	1890	4.07 %	random
R_work	0.1971	-	-	-
all	0.2003	48786	-	-
obs	0.2003	46452	94.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.669 Å² / k_sol: 0.301 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.9973 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-18.7807 Å²	0 Å²
3-	-	-	25.778 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.013→42.544 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12820	0	116	0	12936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13207
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	17829
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.699	4956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1943
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0131-3.0946	0.3987	111	0.2894	2659	X-RAY DIFFRACTION	74
3.0946-3.1856	0.3679	131	0.2433	3085	X-RAY DIFFRACTION	87
3.1856-3.2884	0.321	140	0.2421	3342	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2884-3.4059	0.3141	147	0.2307	3459	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4059-3.5422	0.2941	147	0.2199	3493	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5422-3.7033	0.2756	148	0.2064	3497	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7033-3.8984	0.3011	143	0.1986	3425	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8984-4.1425	0.2411	152	0.1824	3462	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1425-4.462	0.2482	150	0.1576	3496	X-RAY DIFFRACTION	97
4.462-4.9104	0.2293	153	0.161	3545	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9104-5.6196	0.262	153	0.1758	3608	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6196-7.0748	0.2761	151	0.2093	3677	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0748-42.5486	0.2491	164	0.1956	3814	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3019	-0.5731	-0.832	1.6082	0.3369	0.5344	0.2706	0.8078	0.2596	-0.7414	-0.0147	-0.2659	-0.1073	-0.3849	-0.1889	0.3248	-0.0285	-0.0384	0.5478	-0.0018	0.0168	-4.3408	14.8844	-25.2303
2	1.5362	-0.1048	0.8444	2.5124	-1.4285	1.1773	0.1566	0.7384	0.2676	-0.7256	0.1867	0.1682	0.0652	0.1737	-0.2189	0.1437	0.0165	-0.087	0.4635	0.0263	0.0003	-10.9475	15.2109	-20.9315
3	1.8325	0.1242	-0.5904	0.4078	-0.2406	0.825	0.3837	0.4709	0.8478	-0.088	-0.049	0.204	-0.0854	-0.3197	-0.1521	0.1557	0.0324	-0.1366	0.0626	-0.0226	-0.1915	-11.4076	13.4836	-9.1245
4	0.3386	0.43	-0.8588	0.489	-0.9553	2.3157	-0.3683	0.0215	-0.3513	-0.5972	-0.1017	-0.4827	1.3852	0.9384	-0.0262	0.6604	-0.0026	-0.3574	0.6257	-0.0246	-0.0646	-24.79	-11.2263	-37.0808
5	0.7096	0.1761	-0.046	0.2308	0.5594	1.8128	-0.1164	0.1518	0.0885	-0.3598	0.0958	-0.3162	-0.5596	0.2016	-0.123	0.1942	-0.0501	0.1965	0.0521	-0.0925	0.1909	-52.6298	22.2348	-17.1666
6	1.6084	0.7519	-0.0514	0.5525	0.2678	0.9609	-0.1606	-0.0884	-0.2168	0.2245	0.4406	0.0797	-0.1094	-0.3285	0.006	0.2	0.1441	0.0493	0.3383	-0.1064	0.2319	-58.5301	23.6117	-15.2074
7	0.2509	0.168	-0.0453	0.2903	-0.28	0.8331	0.0803	-0.0847	0.1984	0.1054	-0.047	0.1215	-0.1506	-0.1615	-0.0583	0.0957	-0.0027	0.1148	0.0862	-0.0524	0.3301	-61.7372	20.4072	-2.483
8	0.2022	0.1949	-0.2334	0.7505	0.0559	1.2209	0.0731	-0.0147	0.194	-0.2112	0.1474	0.5317	-0.1905	-0.2801	-0.0594	0.0584	-0.0945	-0.2482	0.0179	-0.2437	0.2098	-72.4984	3.0402	-32.7787
9	1.68	0.7553	1.0383	2.2946	0.7362	0.6592	-0.1069	-0.192	-0.3884	0.9046	0.2154	-0.3019	0.1672	0.1644	-0.175	0.241	0.0556	-0.1086	0.118	0.0208	0.1206	-2.0674	-14.5199	10.3232
10	0.3946	-0.1529	0.0594	1.1289	0.2295	0.6824	0.0451	0.0694	-0.7677	0.0791	-0.2652	0.1086	0.1221	-0.2235	-0.0418	0.0293	-0.0198	-0.1727	0.004	0.0205	-0.166	-12.8816	-17.397	1.1071
11	0.1708	0.1816	-0.0684	2.5926	1.5235	4.8677	-0.1478	0.0706	0.0209	0.6949	0.1819	0.53	-0.7608	1.0504	-0.1684	0.6164	-0.0403	0.1663	0.2362	0.0268	-0.1192	-22.346	11.8786	23.7202
12	1.5429	-0.7114	-0.6082	2.199	-0.2468	0.3508	-0.4595	-0.5258	-0.2671	-0.2161	0.3524	0.2996	0.0185	0.1342	0.0457	0.4097	-0.0405	0.268	0.1465	-0.0249	0.3132	-67.3173	-5.453	24.3474
13	0.4137	-0.0619	0.3797	1.7194	0.0802	0.6185	0.1697	-0.054	-0.009	0.0061	-0.0959	0.2968	0.1424	-0.0742	-0.0591	0.1103	-0.0497	0.008	0.0857	-0.024	0.2139	-59.254	-12.9205	6.7305
14	0.7465	-0.5675	-0.0504	0.3441	0.0885	0.7611	0.7142	-0.3373	-0.4443	0.669	-0.0065	0.7622	0.7424	-0.5185	-0.1894	-0.179	0.2334	0.7355	-0.2578	-0.3538	0.1901	-78.4029	10.7237	20.9571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 30:111)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 112:175)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 176:348)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 349:441)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 30:111)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 112:162)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 163:335)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 336:438)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resid 29:144)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain E and resid 145:371)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain E and resid 372:438)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain G and resid 29:67)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain G and resid 68:307)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain G and resid 308:438)

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)