PDB-3q5d: crystal structure of human Atlastin-1 (residues 1-447) bound to G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q5d

タイトル

crystal structure of human Atlastin-1 (residues 1-447) bound to GDP, crystal form 1

要素

Atlastin-1

キーワード

HYDROLASE / G protein / GTPase / GDP/GTP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / endoplasmic reticulum tubular network membrane / Golgi cis cisterna / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum organization / axonogenesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / Golgi membrane / axon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.699 Å

データ登録者

Byrnes, L.J. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the nucleotide-dependent dimerization of the large G protein atlastin-1/SPG3A.
著者: Byrnes, L.J. / Sondermann, H.

履歴

登録	2010年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q5d.cif.gz	178.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q5d.ent.gz	150.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q5d_validation.pdf.gz	852.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q5d_full_validation.pdf.gz	867.8 KB	表示
XML形式データ	3q5d_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	3q5d_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q5eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qnu-d 4il1-2 4il1-4 6i1e-d 3pbt-d 1pfx-d 4orb-d 4kqr-1 1aui-d 3pbq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Atlastin-1

ヘテロ分子

52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Atlastin-1

ヘテロ分子

A: Atlastin-1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.353, 145.353, 104.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Atlastin-1 / Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide- ...Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide-binding protein 3 / Spastic paraplegia 3 protein A 分子量: 51787.055 Da / 分子数: 1 / 断片: G and middle domain, UNP residues 1-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATL1, atlastin-1 (residues 1-447), GBP3, SPG3A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: Q8WXF7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bicine pH 8.5, 30% PEG-MME550, 0.1 M succinic acid pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 33815 / Num. obs: 33815 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.699→48.127 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2495	3154	10.01 %	random
R_work	0.1877	-	-	-
all	0.1938	31518	-	-
obs	0.1938	31518	93.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.439 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.1768 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.1768 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.3536 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.699→48.127 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3289	0	29	5	3323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.254	4576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.433	1269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6991-2.7394	0.465	116	0.3322	1037	X-RAY DIFFRACTION	78
2.7394-2.7822	0.3876	109	0.3002	1087	X-RAY DIFFRACTION	82
2.7822-2.8278	0.3944	117	0.2876	1078	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8278-2.8766	0.3132	128	0.2492	1095	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8766-2.9289	0.2973	141	0.2343	1178	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9289-2.9852	0.3127	130	0.2721	1176	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9852-3.0461	0.3388	137	0.2393	1161	X-RAY DIFFRACTION	89
3.0461-3.1123	0.3626	131	0.2396	1192	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1123-3.1847	0.3495	134	0.2229	1219	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1847-3.2644	0.2968	131	0.2089	1254	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2644-3.3526	0.2604	144	0.1864	1259	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3526-3.4512	0.264	148	0.2037	1258	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4512-3.5626	0.2311	142	0.1944	1274	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5626-3.6899	0.3044	141	0.2008	1290	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6899-3.8375	0.2205	147	0.1926	1298	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8375-4.0121	0.241	148	0.1731	1285	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0121-4.2235	0.2354	138	0.1727	1295	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2235-4.488	0.2157	146	0.1451	1313	X-RAY DIFFRACTION	99
4.488-4.8342	0.2109	150	0.1433	1317	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8342-5.3201	0.1879	142	0.163	1311	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3201-6.0886	0.2568	141	0.1768	1327	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0886-7.666	0.2315	148	0.1829	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
7.666-48.1347	0.2303	145	0.19	1334	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3668	0.4859	0.5757	2.7615	0.2147	1.7453	0.1721	0.0743	0.2636	-0.1363	0.0657	0.3448	-0.0956	-0.5026	-0.1939	0.2104	0.072	0.0366	0.3139	0.0377	0.2409	3.9367	42.544	46.1842
2	1.8903	0.385	-0.2629	1.1563	-1.0332	1.1467	0.2799	-0.4095	0.0318	0.5341	-0.0722	-0.0701	0.0387	-0.1355	-0.1743	0.3492	-0.0246	-0.061	0.3377	-0.0276	0.2384	14.2623	38.6792	50.0119
3	0.9299	0.2279	-1.9225	1.8666	-1.1656	3.519	0.196	-0.4504	-0.0348	0.3752	-0.3492	0.0483	-0.8983	0.9013	0.0781	0.732	-0.4046	-0.0075	0.5413	0.0157	0.297	46.877	66.91	25.1272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(resid 29:199)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(resid 200:341)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(resid 342:438)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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