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- PDB-3q4g: Structure of NAD synthetase from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q4g
タイトルStructure of NAD synthetase from Vibrio cholerae
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / alpha beta / 3-layer(aba) sandwich / Rossmann fold / NAD synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of NAD synthetase from Vibrio cholerae
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9916
ポリマ－61,8312
非ポリマー1604
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.426, 93.426, 165.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 30915.564 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 11-285 / 変異: C37Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: nadE, VCD_000045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: C3NY23, UniProt: Q9KMW1*PLUS, NAD+ synthase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M sodium formate, 100mM sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 33479 / Num. obs: 33278 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 33.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3117 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→46.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.44 / σ(I): 2.5 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2151 1668 5.02 %random
Rwork0.1707 ---
all0.1734 33473 --
obs0.1729 33202 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.751 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 373.96 Å2 / Biso mean: 46.09 Å2 / Biso min: 13.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.51 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.51 Å20 Å2
3----13.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 4 411 4485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8475670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3611566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.480.3141510.2729073058305893.6
2.48-2.580.2581630.22830783241324198.6
2.58-2.70.261650.20231523317331799.9
2.7-2.840.2411650.18431413306330699.9
2.84-3.020.2331670.18131533320332099.9
3.02-3.250.2151680.17314333113311100
3.25-3.580.2141690.159318433533353100
3.58-4.10.1771700.137318233523352100
4.1-5.160.1921730.133323134043404100
5.16-46.720.2041770.19133633540354099.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74910.58040.53841.52191.01271.6496-0.00040.006-0.0088-0.16740.0126-0.1731-0.13990.2373-0.03270.2065-0.0260.02760.18480.02150.163742.599546.204561.1264
21.9993-1.08752.11032.20110.08593.17260.18060.47570.1118-0.3739-0.25660.5725-0.2265-0.32570.03830.67280.1332-0.03310.3370.00810.257926.312257.789647.9113
30.5832-0.2391-0.36140.76150.50721.93030.11810.16750.1378-0.3251-0.24980.2796-0.5901-0.25040.16620.36560.184-0.0570.18770.03430.15726.068646.704439.9171
40.45210.08680.55050.4940.72441.45650.0230.0024-0.0528-0.2282-0.16550.0822-0.3006-0.15530.10480.21720.04780.01140.20090.00590.194731.848244.801354.3249
50.65080.08790.44592.17351.87931.8960.0403-0.0858-0.2495-0.017-0.53630.4550.1733-0.53940.35150.1637-0.070.01610.3422-0.05860.219324.331131.473860.8079
60.92970.2134-0.26110.89150.29681.25990.0231-0.05240.10550.0787-0.0644-0.00670.1109-0.14140.04350.17790.0387-0.01030.1643-0.00320.19334.019617.303637.7625
70.61880.4484-1.62343.57292.21447.8010.2301-0.0938-0.179-0.7439-0.3922-0.5277-1.3080.2730.23750.48650.1519-0.05690.26790.00150.247935.992334.168220.7945
80.42830.41680.16262.08180.7862.0433-0.05440.21130.1601-0.7936-0.0420.187-0.95210.17160.01520.46850.02560.01370.24510.06070.111936.142142.415730.7213
90.18910.4623-0.0411.55660.44340.70160.09690.05790.0106-0.246-0.028-0.0798-0.34830.0391-0.0580.22860.00740.03040.24110.01320.124940.044928.127234.6715
100.74440.2157-1.22541.73941.70444.5434-0.016-0.2262-0.2991-0.18080.2386-0.3019-0.46580.6787-0.18550.146-0.01650.0080.2864-0.04270.316954.759527.321244.6037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:78)A1 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 79:92)A79 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 93:135)A93 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 136:214)A136 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 215:276)A215 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:78)B1 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 79:92)B79 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 93:135)B93 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 136:214)B136 - 214
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 215:276)B215 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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