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- PDB-3q3m: Toluene 4 monooxygenase HD Complex with Inhibitor 4-Bromobenzoate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3m
タイトルToluene 4 monooxygenase HD Complex with Inhibitor 4-Bromobenzoate
要素(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / aromatic hydrocarbon catabolism / iron / multi-component monooxygenase / aromatic hydroxylation / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-bromobenzoic acid / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.748 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase.
著者: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G.
履歴
登録2010年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
F: Toluene-4-monooxygenase system protein E
G: Toluene-4-monooxygenase system protein B
H: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,78319
ポリマ－231,1528
非ポリマー1,63011
水38,2822125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.044, 115.718, 181.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 8分子 ADBFCGEH

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Alpha hydroxylase


分子量: 58169.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00456, tmoA / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / Beta hydroxylase


分子量: 36176.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00460, tmoE / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / Gamma hydroxylase


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00457, tmoB / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein D / Effector


分子量: 11629.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00459, tmoD / プラスミド: pCDtet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 3種, 2136分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物
ChemComp-Z82 / 4-bromobenzoic acid / 4-ブロモ安息香酸


分子量: 201.017 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5BrO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM ammonium chloride, 50 mM bromobenzoate, 21% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月7日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.748→99 Å / Num. obs: 207654 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.156 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.784.10.55692060.858187.6
1.78-1.814.60.51594530.861190.4
1.81-1.8550.47797810.915193.1
1.85-1.895.40.444100710.915195.9
1.89-1.935.80.406102240.923197.4
1.93-1.9760.356103410.954198.5
1.97-2.026.30.313103760.98198.9
2.02-2.076.40.273104451.003199.3
2.07-2.146.50.238104920.992199.5
2.14-2.26.60.206104891.03199.9
2.2-2.286.70.186105871.068199.9
2.28-2.386.90.161105221.099199.9
2.38-2.4870.139105551.0741100
2.48-2.617.10.114105761.0761100
2.61-2.787.20.095106311.1471100
2.78-2.997.20.083106051.3731100
2.99-3.297.20.072106771.6771100
3.29-3.777.20.053106961.5871100
3.77-4.757.10.044107831.4491100
4.75-996.80.044111441.44199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.88 Å48.77 Å
Translation1.88 Å48.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.748→34.087 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1783 9996 5.04 %
Rwork0.1429 --
obs0.1447 198404 93.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.952 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 112.18 Å2 / Biso mean: 17.4114 Å2 / Biso min: 3.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.491 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.0958 Å20 Å2
3----0.3952 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.748→34.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16054 0 74 2125 18253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01116865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23122936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0892347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4576204
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7485-1.8110.24637990.207153781617777
1.811-1.88350.22438960.1753169231781985
1.8835-1.96920.20519900.1562179901898090
1.9692-2.0730.18819360.1444187261966293
2.073-2.20290.186310160.1366192022021896
2.2029-2.37290.168410750.1268195692064498
2.3729-2.61160.172910800.1336197052078598
2.6116-2.98930.175310100.1429200672107799
2.9893-3.76550.170910940.14032022121315100
3.7655-34.09350.15911000.1372206272172799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4825-0.1522-0.0840.2034-0.09470.4546-0.0002-0.0981-0.02450.02740.017-0.0784-0.00680.1287-0.01630.0519-0.0063-0.0160.06830.00330.071252.81598.819322.7962
21.651-0.6644-0.21481.1650.31680.08690.10330.0155-0.0167-0.323-0.1040.1058-0.1293-0.25130.03280.13260.0138-0.04790.2064-0.01230.118621.37587.9505-3.0998
30.23460.0331-0.13670.17860.09150.230.0207-0.00690.0012-0.0063-0.01270.0094-0.0859-0.0506-0.00570.08340.0106-0.00580.0340.00060.036334.160417.122316.7156
40.3133-0.1187-0.27490.05870.05170.497-0.0169-0.0246-0.03430.0407-0.02930.0286-0.076-0.07040.02270.07720.0040.00970.04750.0060.073831.78694.970116.6241
50.48110.036-0.29380.0125-0.06580.35460.0427-0.157-0.00470.012-0.0353-0.02160.02850.0607-0.01450.11310.0268-0.00510.0950.01630.049334.083213.505635.6995
60.0767-0.1134-0.07790.4795-0.090.2153-0.0051-0.0107-0.01390.0353-0.0130.05560.003-0.04610.0180.06090.030.00110.0747-0.00810.052918.73299.928725.8749
70.13020.0207-0.01030.60160.0150.17720.01240.1058-0.1653-0.0065-0.00730.3932-0.0239-0.1565-0.01730.07030.037-0.01570.1488-0.01710.15641.583312.19322.3047
80.14750.0334-0.00280.310.03550.29990.0425-0.01610.01040.0366-0.03380.0708-0.0282-0.0729-0.02630.10580.0436-0.00740.081-0.00120.075516.106526.525433.0121
90.56840.0728-0.00480.35640.00390.49820.00970.00810.0743-0.00850.01470.0452-0.3487-0.051-0.01090.19040.0580.0090.05380.00380.081722.667734.520322.226
100.3366-0.43820.0990.6045-0.21640.58940.0680.2128-0.1205-0.2260.02520.3615-0.0637-0.2482-0.06420.12220.0503-0.07130.2252-0.01390.23294.56317.02649.5634
110.7847-0.5409-0.13180.42570.15540.09770.04850.25120.1556-0.0985-0.1120.0527-0.3738-0.18840.06810.18250.1042-0.03870.14520.00850.092624.14529.03420.0308
120.4008-0.6096-0.11161.08950.3930.37630.06660.05530.1407-0.03490.0603-0.2126-0.1565-0.0886-0.0720.43330.01650.09170.2360.07880.257936.137530.5058-6.7086
130.3916-0.2331-0.34650.20450.20790.42940.07270.08540.0764-0.094-0.0176-0.0456-0.185-0.1299-0.07540.15720.01660.00930.06280.00460.074638.868723.30943.9205
140.371-0.1345-0.18860.07230.16010.42770.0211-0.04940.2018-0.0080.0185-0.0907-0.25650.0092-0.03290.1914-0.01320.00240.0545-0.01290.124742.274534.50320.6926
150.5743-0.08750.00680.0283-0.05780.504-0.00790.07770.00580.0109-0.015-0.017-0.01910.06720.02530.0881-0.015500.06630.00250.074555.22338.44973.909
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 262:291)B262 - 291
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 292:307)B292 - 307
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22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 8:20)C8 - 20
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 21:27)C21 - 27
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 28:33)C28 - 33
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 34:44)C34 - 44
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 45:52)C45 - 52
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 53:59)C53 - 59
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30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 74:83)C74 - 83
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 2:35)D2 - 35
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 36:61)D36 - 61
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 62:84)D62 - 84
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 85:146)D85 - 146
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 147:203)D147 - 203
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 204:242)D204 - 242
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 243:272)D243 - 272
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 273:463)D273 - 463
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 464:479)D464 - 479
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 480:491)D480 - 491
41X-RAY DIFFRACTION41(chain E and resid 2:10)E2 - 10
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57X-RAY DIFFRACTION57(chain F and resid 236:265)F236 - 265
58X-RAY DIFFRACTION58(chain F and resid 266:289)F266 - 289
59X-RAY DIFFRACTION59(chain F and resid 290:297)F290 - 297
60X-RAY DIFFRACTION60(chain F and resid 298:307)F298 - 307
61X-RAY DIFFRACTION61(chain G and resid 2:8)G2 - 8
62X-RAY DIFFRACTION62(chain G and resid 9:21)G9 - 21
63X-RAY DIFFRACTION63(chain G and resid 22:34)G22 - 34
64X-RAY DIFFRACTION64(chain G and resid 35:44)G35 - 44
65X-RAY DIFFRACTION65(chain G and resid 45:50)G45 - 50
66X-RAY DIFFRACTION66(chain G and resid 51:55)G51 - 55
67X-RAY DIFFRACTION67(chain G and resid 56:60)G56 - 60
68X-RAY DIFFRACTION68(chain G and resid 61:69)G61 - 69
69X-RAY DIFFRACTION69(chain G and resid 70:75)G70 - 75
70X-RAY DIFFRACTION70(chain G and resid 76:83)G76 - 83
71X-RAY DIFFRACTION71(chain H and resid 3:14)H3 - 14
72X-RAY DIFFRACTION72(chain H and resid 15:25)H15 - 25
73X-RAY DIFFRACTION73(chain H and resid 26:37)H26 - 37
74X-RAY DIFFRACTION74(chain H and resid 38:44)H38 - 44
75X-RAY DIFFRACTION75(chain H and resid 45:55)H45 - 55
76X-RAY DIFFRACTION76(chain H and resid 56:63)H56 - 63
77X-RAY DIFFRACTION77(chain H and resid 64:73)H64 - 73
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79X-RAY DIFFRACTION79(chain H and resid 88:96)H88 - 96
80X-RAY DIFFRACTION80(chain H and resid 97:103)H97 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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