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- PDB-3q34: The crystal structure of YceI-like family protein from Pseudomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q34
タイトルThe crystal structure of YceI-like family protein from Pseudomonas syringae
要素YceI-like family protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein with YceI domain / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinone-8 / YceI-like family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The crystal structure of YceI-like family protein from Pseudomonas syringae
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YceI-like family protein
B: YceI-like family protein
C: YceI-like family protein
D: YceI-like family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,19311
ポリマ－83,0084
非ポリマー3,1857
水9,278515
1
A: YceI-like family protein
C: YceI-like family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0505
ポリマ－41,5042
非ポリマー1,5463
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
2
B: YceI-like family protein
D: YceI-like family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1436
ポリマ－41,5042
非ポリマー1,6384
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.647, 103.357, 63.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
YceI-like family protein


分子量: 20752.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
株: pv. phaseolicola / 遺伝子: PSPPH_4050 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-codon+RIL(p)-stratagene / 参照: UniProt: Q48EL2
#2: 化合物
ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→59.7 Å / Num. obs: 72488 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→47.481 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2.59 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 3656 5.05 %Random
Rwork0.1703 ---
obs0.1722 72447 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.459 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8996 Å20 Å2-1.8152 Å2
2---0.859 Å20 Å2
3----1.0405 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5383 0 230 515 6128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6977925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3922299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72240.24611410.20892485X-RAY DIFFRACTION94
1.7224-1.7460.24851350.20452603X-RAY DIFFRACTION99
1.746-1.77090.25261340.18912661X-RAY DIFFRACTION100
1.7709-1.79730.25541460.18952614X-RAY DIFFRACTION100
1.7973-1.82540.21831420.17992659X-RAY DIFFRACTION100
1.8254-1.85540.21051480.17052653X-RAY DIFFRACTION100
1.8554-1.88740.22221560.17362626X-RAY DIFFRACTION100
1.8874-1.92170.20081430.17072633X-RAY DIFFRACTION100
1.9217-1.95860.23671480.16442659X-RAY DIFFRACTION100
1.9586-1.99860.21331510.16372611X-RAY DIFFRACTION100
1.9986-2.04210.2051390.15172686X-RAY DIFFRACTION100
2.0421-2.08960.20881270.15792659X-RAY DIFFRACTION100
2.0896-2.14180.23671470.15852629X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.19970.22031370.16332686X-RAY DIFFRACTION100
2.1997-2.26450.21551580.16332607X-RAY DIFFRACTION100
2.2645-2.33760.21781230.17042690X-RAY DIFFRACTION100
2.3376-2.42110.22441280.16562665X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.5180.22541250.17622680X-RAY DIFFRACTION100
2.518-2.63260.20711440.17752644X-RAY DIFFRACTION100
2.6326-2.77140.22471570.17662630X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-2.9450.21831360.18372654X-RAY DIFFRACTION100
2.945-3.17240.19441270.17192680X-RAY DIFFRACTION100
3.1724-3.49150.18511380.15282647X-RAY DIFFRACTION100
3.4915-3.99650.16771510.14732661X-RAY DIFFRACTION100
3.9965-5.03430.16871540.14452650X-RAY DIFFRACTION99
5.0343-47.49920.19551210.19992719X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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