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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q1y | ||||||
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タイトル | Allosteric regulation by Lysine residue: A novel anion-hole formation in the ribokinase family | ||||||
![]() | Lin2199 protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / PSI-II / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() lactose metabolic process / tagatose-6-phosphate kinase / phosphofructokinase activity / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Allosteric regulation by Lysine residue: A novel anion-hole formation in the ribokinase family 著者: Satyanarayan, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3hicS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34951.941 Da / 分子数: 1 / 変異: K281A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Top10 cells (Invitrogen) / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M MgCl2,200mMCsCl, 20% PEG 3350 0.1M Bis-Tris pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 20195 / Num. obs: 20195 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 1901 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HIC 解像度: 2.03→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.799 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.52 Å2 / Biso mean: 23.675 Å2 / Biso min: 2.25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.033→2.085 Å / Total num. of bins used: 20
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