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- PDB-3q1y: Allosteric regulation by Lysine residue: A novel anion-hole forma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q1y
タイトルAllosteric regulation by Lysine residue: A novel anion-hole formation in the ribokinase family
要素Lin2199 protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / PSI-II / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose metabolic process / tagatose-6-phosphate kinase / phosphofructokinase activity / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tagatose/fructose phosphokinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tagatose-6-phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Allosteric regulation by Lysine residue: A novel anion-hole formation in the ribokinase family
著者: Satyanarayan, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2010年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin2199 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0833
ポリマ－34,9521
非ポリマー1312
水2,054114
1
A: Lin2199 protein
ヘテロ分子

A: Lin2199 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1666
ポリマ－69,9042
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.912, 44.717, 87.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lin2199 protein


分子量: 34951.941 Da / 分子数: 1 / 変異: K281A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Top10 cells (Invitrogen) / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: lin2199 / プラスミド: PSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODON+RIL / 参照: UniProt: Q929S5, tagatose-6-phosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgCl2,200mMCsCl, 20% PEG 3350 0.1M Bis-Tris pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 20195 / Num. obs: 20195 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 1901 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HIC

3hic


解像度: 2.03→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.799 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 998 5 %RANDOM
Rwork0.1879 ---
obs0.1899 20154 97.51 %-
all-19156 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.52 Å2 / Biso mean: 23.675 Å2 / Biso min: 2.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20.05 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.039 Å0.203 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.171 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2357 0 7 114 2478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.9833227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7845308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03925.97997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33215443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.802158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5561.51533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07422470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7123860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9534.5757
LS精密化 シェル解像度: 2.033→2.085 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 51 -
Rwork0.2 1002 -
all-1053 -
obs--70.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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