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万見
- PDB-3q1r: Crystal structure of a bacterial RNase P holoenzyme in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q1r
タイトルCrystal structure of a bacterial RNase P holoenzyme in complex with TRNA and in the presence of 5' leader
要素
  • RNase P RNA
  • Ribonuclease P protein component
  • TRNA (PHE)
  • TRNA 5' LEADER
キーワードHYDROLASE/RNA / RNASE P / RIBOZYME / RIBONUCLEASE P / TRNA / PRE-TRNA / TETRALOOP-RECEPTOR / RIBOSE ZIPPER / A-MINOR INTERACTION / BASE STACKING / INTERMOLECULAR BASE PAIRS / INTERMOLECULAR RNA-RNA CONTACTS / RNP / RIBONUCLEOPROTEIN COMPLEX / ENZYME-PRODUCT COMPLEX / METALLOENZYME / RNA-METAL INTERACTIONS / SHAPE COMPLEMENTARITY / SUBSTRATE RECOGNITION / ENDONUCLEASE / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P / Ribonuclease P, conserved site / Ribonuclease P / Bacterial ribonuclease P protein component signature. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribonuclease P protein component
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.21 Å
データ登録者Reiter, N.J. / Ostermanm, A. / Torres-Larios, A. / Swinger, K.K. / Pan, T. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of a Bacterial Ribonuclease P Holoenzyme in Complex with tRNA.
著者: Reiter, N.J. / Osterman, A. / Torres-Larios, A. / Swinger, K.K. / Pan, T. / Mondragon, A.
履歴
登録2010年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年3月9日ID: 3OKB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNase P RNA
A: Ribonuclease P protein component
C: TRNA (PHE)
D: TRNA 5' LEADER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,0269
ポリマ－156,9054
非ポリマー1225
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.920, 169.920, 185.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 RNase P RNA


分子量: 112622.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION
#2: タンパク質 Ribonuclease P protein component / RNase P protein / RNaseP protein / Protein C5


分子量: 14363.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: rnpA, RNPA OR TM1463, RNPB, TM_1463 / プラスミド: PGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q9X1H4, ribonuclease P
#3: RNA鎖 TRNA (PHE)


分子量: 27658.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION
#4: RNA鎖 TRNA 5' LEADER


分子量: 2260.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.14 %
解説: DUE TO THE ANISOTROPIC NATURE OF THE DIFFRACTION, THE DATA WERE TREATED IN TWO DIFFERENT WAYS: 1) BY APPLYING AN ANISOTROPIC CORRECTION TO THE DATA (ANISOTROPIC), AND 2) WITHOUT ANY ...解説: DUE TO THE ANISOTROPIC NATURE OF THE DIFFRACTION, THE DATA WERE TREATED IN TWO DIFFERENT WAYS: 1) BY APPLYING AN ANISOTROPIC CORRECTION TO THE DATA (ANISOTROPIC), AND 2) WITHOUT ANY ANISOTROPY CORRECTION (ISOTROPIC). WHILE COMPLETENESS OF THE HIGHEST RESOLUTION SHELL MAY APPEAR OF POOR QUALITY IN THE ANISOTROPIC CASE, THE DATA COLLECTION STATISTICS AND RWORK AND RFREE REFINEMENT STATISTICS WERE ACTUALLY BETTER FOR THE CARVED (ANISOTROPIC) DATA SET THAN FOR THE ISOTROPIC CASE. FOR THIS REASON, THE REPORTED 3Q1R STRUCTURE AND HEADER REMARKS REFLECT THE CARVED, ANISOTROPICALLY CORRECTED DATA.
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8M LiSO4, 0.5M sodium cacolydate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND LAUE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→30 Å / Num. obs: 17674 / % possible obs: 76.4 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 153.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 4.2→4.39 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 7.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometerデータ収集
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: 2A2E, 2A64, 1NZ0, 1EHZ

2a2e

2a64

1nz0

1ehz


解像度: 4.21→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 913 5.17 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.259 17651 --
原子変位パラメータBiso mean: 80.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.3244 Å20 Å20 Å2
2---21.3244 Å20 Å2
3---42.6489 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.21→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数973 9208 5 0 10186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.007112752
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.23173392
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d55532
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes202
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5665
X-RAY DIFFRACTIONt_it1127520
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd05
LS精密化 シェル解像度: 4.21→4.46 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3282 22 5.14 %
Rwork0.2351 406 -
all0.2403 428 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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