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- PDB-3py8: Crystal structure of a mutant of the large fragment of DNA polyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3py8
タイトルCrystal structure of a mutant of the large fragment of DNA polymerase I from thermus aquaticus in a closed ternary complex with DNA and ddCTP
要素
  • DNA (5'-D(*AP*A*AP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')
  • DNA polymerase I
キーワードTransferase/DNA / Modified Klenow fragment / Transferase / polymerase / nucleoside binding / nucleic acid binding / DNA binding / catalytic activity / DNA-directed DNA polymerase activity / 5'-3' exonuclease activity / nucleotides / modified nucleotide / artificial nucleotide / nucleotide probes / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / hydrolase activity, acting on ester bonds / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Schnur, A. / Marx, A. / Welte, W. / Diederichs, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: Learning from Directed Evolution: Thermus aquaticus DNA Polymerase Mutants with Translesion Synthesis Activity.
著者: Obeid, S. / Schnur, A. / Gloeckner, C. / Blatter, N. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2010年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')
C: DNA (5'-D(*AP*A*AP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46712
ポリマ－69,5333
非ポリマー9349
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.610, 108.610, 90.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-834-

GOL

21A-868-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I / Taq polymerase 1


分子量: 60950.973 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA polymerase I large fragment / 変異: I614K, M747K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / プラスミド: pASK-IBA37plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*A*AP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4964.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 532分子

#4: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.1M Hepes, 20mM MnCl2, 0.1M Na-acetate, 12 % PEG 4000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Hepes11
2MnCl211
3Na-acetate11
4PEG 400011
5Hepes12
6MnCl212
7Na-acetate12
8PEG 400012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→47 Å / Num. obs: 80053 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.74-1.791.59199.9
1.79-1.852.351100
1.85-1.923.541100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_572)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→41.738 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 3182 5.02 %
Rwork0.1692 --
obs0.1707 63416 99.88 %
all-63432 -
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.311 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6339 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.6339 Å2-0 Å2
3----3.2677 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 528 45 523 5380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0636889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1611942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.76610.29851390.27362572X-RAY DIFFRACTION100
1.7661-1.79370.32541180.25742592X-RAY DIFFRACTION99
1.7937-1.82310.28011490.24392565X-RAY DIFFRACTION99
1.8231-1.85450.25471410.23062584X-RAY DIFFRACTION100
1.8545-1.88820.28171440.20212597X-RAY DIFFRACTION100
1.8882-1.92450.24791280.19122576X-RAY DIFFRACTION100
1.9245-1.96380.23821290.18052636X-RAY DIFFRACTION100
1.9638-2.00650.21181260.16932602X-RAY DIFFRACTION100
2.0065-2.05320.23461540.16872585X-RAY DIFFRACTION100
2.0532-2.10450.19561240.16812631X-RAY DIFFRACTION100
2.1045-2.16140.20581460.16092591X-RAY DIFFRACTION100
2.1614-2.2250.21541250.1562603X-RAY DIFFRACTION100
2.225-2.29690.21441230.15642638X-RAY DIFFRACTION100
2.2969-2.37890.20061440.15922597X-RAY DIFFRACTION100
2.3789-2.47420.20931540.16512621X-RAY DIFFRACTION100
2.4742-2.58680.22861330.16372620X-RAY DIFFRACTION100
2.5868-2.72310.19071560.16892608X-RAY DIFFRACTION100
2.7231-2.89370.2311410.17122620X-RAY DIFFRACTION100
2.8937-3.11710.20621530.16662624X-RAY DIFFRACTION100
3.1171-3.43060.1861270.15812649X-RAY DIFFRACTION100
3.4306-3.92670.17841350.14352678X-RAY DIFFRACTION100
3.9267-4.9460.16031590.13982656X-RAY DIFFRACTION100
4.946-41.750.16751340.19732789X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61660.1829-0.10770.3833-0.14220.92280.00130.0455-0.243-0.16130.0164-0.30590.37560.10280.1090.2764-0.04870.06040.1677-0.01790.316842.5567-42.8917-17.5649
20.57370.2551-0.24180.581-0.5090.57740.0444-0.06650.02890.1589-0.05060.0664-0.1492-0.00880.00350.2262-0.06650.03160.1759-0.01190.162433.7199-17.31610.5209
30.2608-0.6048-0.3481.54841.09821.02360.23950.06390.0662-0.002-0.23280.3263-0.3109-0.11770.00930.57630.04160.14380.5166-0.04980.594623.186-3.194413.1723
40.57360.3645-0.33550.7152-0.10521.01410.1124-0.08610.0750.1691-0.0278-0.0739-0.26890.0443-0.07020.2536-0.03170.01460.17990.00520.195738.9061-9.3033-0.5382
50.17590.11780.12960.5077-0.1390.8462-0.07830.07830.0282-0.11620.15830.0291-0.1521-0.3551-0.00310.1382-0.0457-0.00340.2310.01340.135226.99-18.3783-14.3733
60.35490.16420.00880.31470.06530.01670.01960.22560.1116-0.04310.00310.0149-0.03380.0735-0.02720.4380.49540.03340.98780.13850.4773.2494-14.7402-16.5066
71.7076-0.9293-0.34111.0080.27810.75790.00860.04680.0866-0.00430.0466-0.13630.04730.1033-0.03530.59050.1292-0.10790.711-0.06260.63469.2987-7.4242-5.3495
80.1884-0.09630.1630.2905-0.19140.5006-0.00670.0061-0.0081-0.02550.0009-0.01320.0268-0.01570.01451.12990.1356-0.01140.79870.14250.83997.73680.0697-9.3679
90.7083-0.1438-0.13980.03550.0260.02920.07860.0837-0.011-0.0693-0.08490.0269-0.1274-0.2669-0.00920.58520.1781-0.03820.6866-0.00050.430717.1285-5.7601-7.8867
101.89970.0075-0.49942.3538-1.11221.0982-0.1031-0.33990.00870.23090.12950.1118-0.322-0.08-0.03330.55820.1784-0.00920.8093-0.00540.376313.0414-17.54531.5133
110.8964-0.3229-0.60290.50490.50720.828-0.0048-0.2138-0.00080.08990.20710.0306-0.12020.2045-0.18981.06390.3960.31881.1275-0.0910.62339.4847-9.84669.3292
120.22410.0223-0.06720.0857-0.05660.2802-0.0226-0.13880.15430.13280.07040.1662-0.4061-0.5821-0.16160.0863-0.02950.16681.30680.26620.33283.0121-23.2689-1.8384
130.0821-0.0224-0.11760.01420.00970.2329-0.02090.0337-0.056-0.0350.01430.06830.0643-0.1028-0.00550.2175-0.6901-0.03080.52750.31590.46049.2393-42.9079-2.5478
140.5742-0.2490.13950.5750.08460.2654-0.13230.0243-0.0897-0.15230.17960.07670.1064-0.3618-0.21030.1591-0.0963-0.00690.28310.02340.16321.4743-29.0772-12.8715
150.3386-0.2051-0.0120.69610.45180.41640.05430.31980.0758-0.27830.06430.0056-0.2775-0.57420.21230.2541-0.0423-0.03520.39420.0440.153521.5701-15.4753-25.5336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 294:418)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 419:519)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 520:525)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 526:556)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 557:629)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 630:637)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 638:647)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 648:653)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 654:662)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 663:678)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 679:688)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 689:711)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 712:718)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 719:793)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 794:832)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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