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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pxw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ferrous NO Adduct of MauG in Complex with Pre-Methylamine Dehydrogenase | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / oxidoreductase / electron transport / periplasmic space / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Yukl, E.T. / Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Crystal Structures of CO and NO Adducts of MauG in Complex with Pre-Methylamine Dehydrogenase: Implications for the Mechanism of Dioxygen Activation. 著者: Yukl, E.T. / Goblirsch, B.R. / Davidson, V.L. / Wilmot, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pxw.cif.gz | 663.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pxw.ent.gz | 565.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pxw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pxw_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pxw_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3pxw_validation.xml.gz | 73.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pxw_validation.cif.gz | 105.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/3pxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/3pxw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 41146.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-387 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd 1222 / 発現宿主: Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51658, 酸化還元酵素 #2: 抗体 | 分子量: 15025.595 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-188 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd 1222 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P22619, EC: 1.4.99.3 #3: タンパク質 | 分子量: 42321.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-417 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd 1222 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A1BB97, EC: 1.4.99.3 |
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-非ポリマー , 9種, 1236分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-HEC / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-ACT / | #9: 化合物 | ChemComp-EDO / | #10: 化合物 | ChemComp-PGE / | #11: 化合物 | ChemComp-PG6 / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.4 詳細: 0.1M MES pH 6.4, 0.1M sodium acetate, 23-35 % w/v PEG 8000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03316 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月9日 / 詳細: BIOMORPH MIRRORS (KIRKPATRICK- BAEZ CONFIGURATION) |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03316 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 95254 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.244 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.153 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→44.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.389 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→44.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.11→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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