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- PDB-3pwu: An immmunodominant CTL epitope from rinderpest virus presented by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pwu
タイトルAn immmunodominant CTL epitope from rinderpest virus presented by cattle MHC class I molecule N*01801(BoLA-A11)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IPA from Hemagglutinin glycoprotein
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC BoLA conformation / immunodominant epitope cattle
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell membrane / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell membrane / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Hemagglutinin glycoprotein / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Li, X. / Liu, J. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Li, X. / Zhang, N. / Xia, C. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Two distinct conformations of a rinderpest virus epitope presented by bovine major histocompatibility complex class I N*01801: a host strategy to present featured peptides
著者: Li, X. / Liu, J. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Li, X. / Zhang, N. / Xia, C. / Gao, G.F.
履歴
登録2010年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: IPA from Hemagglutinin glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4483
ポリマ－44,4483
非ポリマー00
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.913, 72.044, 120.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC class I N*01801


分子量: 31797.080 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 26-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LA-A11 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q95477
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / beta2m


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 1 / 断片: murine beta2m / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド IPA from Hemagglutinin glycoprotein


分子量: 946.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized artificially / 参照: UniProt: P41355
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月28日
放射モノクロメーター: Cu Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.899→50 Å / Num. obs: 32536 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 29.174
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.138 / Num. unique all: 2466 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+27 / 解像度: 1.899→23.956 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 1645 5.06 %
Rwork0.1921 --
obs0.1941 32536 96.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.121 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0026 Å2-0 Å20 Å2
2---5.9462 Å2-0 Å2
3---0.9436 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→23.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3132 0 0 430 3562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9094377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.241179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8992-1.9550.29371180.22862348X-RAY DIFFRACTION89
1.955-2.01810.23471210.21442457X-RAY DIFFRACTION94
2.0181-2.09020.27591190.19972521X-RAY DIFFRACTION95
2.0902-2.17380.23951330.20312519X-RAY DIFFRACTION95
2.1738-2.27270.26551260.19492534X-RAY DIFFRACTION96
2.2727-2.39240.25211500.20112539X-RAY DIFFRACTION97
2.3924-2.54210.24881320.20632590X-RAY DIFFRACTION98
2.5421-2.73810.28331370.20862582X-RAY DIFFRACTION98
2.7381-3.01320.24221400.20052663X-RAY DIFFRACTION99
3.0132-3.44810.22331370.18732677X-RAY DIFFRACTION99
3.4481-4.34010.18371660.1672678X-RAY DIFFRACTION99
4.3401-23.95840.20141660.17182783X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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