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- PDB-3pwe: Crystal structure of the E. coli beta clamp mutant R103C, I305C, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pwe
タイトルCrystal structure of the E. coli beta clamp mutant R103C, I305C, C260S, C333S at 2.2A resolution
要素DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / DNA POLYMERASE BETA SUBUNIT MUTANT / DNA REPLICATION / SLIDING CLAMP / PROCESSIVITY FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Marzahn, M.R. / Robbins, A.H. / McKenna, R. / Bloom, L.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The E. coli clamp loader can actively pry open the beta-sliding clamp
著者: Paschall, C.O. / Thompson, J.A. / Marzahn, M.R. / Chiraniya, A. / Hayner, J.N. / O'Donnell, M. / Robbins, A.H. / McKenna, R. / Bloom, L.B.
履歴
登録2010年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0692
ポリマ－81,0692
非ポリマー00
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area33090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.799, 67.362, 80.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and not(resseq 105 or resseq 151 or resseq...A0
211chain B and not(resseq 105 or resseq 151 or resseq...B0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999985, -0.005209, -0.001676), (-0.00545, 0.92077, 0.390068), (-0.000489, 0.390072, -0.920784)
ベクター: 121.473, -17.3627, 86.323997)

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta


分子量: 40534.316 Da / 分子数: 2 / 変異: R103C, I305C, C260S, C333S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / AB1157 / 遺伝子: dnaN, b3701, JW3678 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 125 mM calcium chloride, 30% PEG 400 added in a 1:1 ratio to 1.8 mg/mL protein solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 39786 / Num. obs: 39765 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.283.10.34339761.1151100
2.28-2.373.10.29539621.1271100
2.37-2.483.10.24939501.0981100
2.48-2.613.10.20539721.1191100
2.61-2.773.10.16839621.1551100
2.77-2.993.10.1340031.0341100
2.99-3.293.10.139761.1131100
3.29-3.763.20.07939971.116199.8
3.76-4.733.20.06739931.116199.4
4.73-303.10.06639951.002197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.3_467精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1MMI

1mmi


解像度: 2.199→28.502 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8352 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 2005 5.04 %Random
Rwork0.2042 ---
obs0.2063 39765 99.6 %-
all-39786 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.715 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 106.58 Å2 / Biso mean: 30.9876 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.753 Å20 Å22.4626 Å2
2--7.165 Å2-0 Å2
3----3.412 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.223 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→28.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5674 0 0 335 6009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9697844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7032204
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
12B2759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1993-2.25420.28491230.22252683280699
2.2542-2.31520.28051400.219226952835100
2.3152-2.38330.27791530.209626722825100
2.3833-2.46010.27031390.205626772816100
2.4601-2.5480.27231490.206827092858100
2.548-2.650.26821250.208227142839100
2.65-2.77050.27031320.205226982830100
2.7705-2.91640.2451620.197626872849100
2.9164-3.09890.23711550.198326862841100
3.0989-3.33790.27181500.203827142864100
3.3379-3.67310.22251400.194527002840100
3.6731-4.20320.21831520.197327092861100
4.2032-5.290.22331490.18032688283799
5.29-28.50470.24251360.2422728286497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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