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- PDB-3pwd: Crystal structure of maize CK2 in complex with NBC (Z1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pwd
タイトルCrystal structure of maize CK2 in complex with NBC (Z1)
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZ0 / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid body / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Battistutta, R. / Mazzorana, M.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural features underlying the selectivity of the kinase inhibitors NBC and dNBC: role of a nitro group that discriminates between CK2 and DYRK1A
著者: Sarno, S. / Mazzorana, M. / Traynor, R. / Ruzzene, M. / Cozza, G. / Pagano, M.A. / Meggio, F. / Zagotto, G. / Battistutta, R. / Pinna, L.A.
履歴
登録2010年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5622
ポリマ－39,2911
非ポリマー2711
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.410, 60.960, 45.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II / CK2-alpha


分子量: 39291.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ACK2 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CZ0 / 8-hydroxy-4-methyl-9-nitro-2H-benzo[g]chromen-2-one


分子量: 271.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9NO5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % / Mosaicity: 0.61 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.1M TrisHCl, pH 8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→70.082 Å / Num. all: 16400 / Num. obs: 16400 / % possible obs: 83.9 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.321.90.7930.61.1477624910.5120.7930.61.687.4
2.32-2.461.90.5850.4441.3453123330.3770.5850.4442.186.5
2.46-2.6320.5090.3851.7422021610.3290.5090.3852.585.7
2.63-2.8420.3320.2522.6394219880.2130.3320.2523.384.7
2.84-3.1120.2240.174364618200.1440.2240.174.383.9
3.11-3.4820.1430.1096.3330416280.0930.1430.1095.982.5
3.48-4.022.10.0960.0738.6293214280.0610.0960.0737.682.2
4.02-4.922.10.0860.0668.2242211740.0550.0860.0668.780.4
4.92-6.962.10.1020.0777.818719040.0660.1020.0778.478.7
6.96-41.2952.10.1180.0876.39724730.0790.1180.0879.674

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLM3.3.16データ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: Rigid body / 解像度: 2.2→41.295 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.63 / FOM work R set: 0.8631 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 847 5.17 %
Rwork0.1686 --
obs0.1718 16393 83.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.873 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.68 Å2 / Biso mean: 40.0887 Å2 / Biso min: 9.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1015 Å20 Å21.7229 Å2
2--2.4354 Å20 Å2
3----0.3338 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 0 20 115 2862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1253813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9231060
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.33790.29391370.22132713285087
2.3379-2.51840.28161570.20312624278185
2.5184-2.77170.29591490.21392625277485
2.7717-3.17270.25871220.18442601272383
3.1727-3.99670.21711400.14872531267181
3.9967-41.30240.17771420.13732452259477
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.376-0.39340.1780.3147-0.14090.2234-0.05310.3270.1506-0.0309-0.06230.0441-0.18070.22340.00010.2297-0.159-0.01330.25610.01090.200425.776911.1543-0.0326
20.33920.15710.35650.11290.05860.3935-0.08280.0435-0.01390.0299-0.06420.1166-0.15580.170200.2224-0.0946-0.0110.2038-0.00010.20229.065412.706614.6955
30.38270.35740.07830.3505-0.28080.525-0.0386-0.14060.02070.0326-0.01990.0032-0.150.2206-0.00010.1129-0.01330.00640.1554-0.0110.059815.08742.14412.2622
40.29940.2090.27220.29240.14530.27180.0574-0.003-0.08130.02020.019-0.15960.08010.228600.16210.06390.00280.1521-0.00760.20416.8446-14.53058.951
50.3360.2340.30710.45220.13180.29760.2571-0.1766-0.10550.3152-0.22580.02290.2511-0.02140.00230.19470.1344-0.07230.15920.04710.180313.7624-23.798610.0977
60.06350.099-0.04740.0915-0.03430.0716-0.07480.0587-0.01830.05020.1523-0.07680.0979-0.07100.14350.0145-0.01870.14270.00770.17652.2115-5.5668.5789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 7:41)A7 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 42:115)A42 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 116:193)A116 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 194:261)A194 - 261
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 262:288)A262 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 289:333)A289 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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