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- PDB-3pvv: Structure of Mycobacterium tuberculosis DnaA-DBD in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvv
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis DnaA-DBD in complex with box1 DNA
要素
  • Chromosomal replication initiator protein dnaA
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Helix-turn-Helix motif / Interacting with DnaA-box / DnaA-box / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosomal Replication Initiator Protein Dnaa; Chain: A; / DnaA protein, C-terminal DNA-binding domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like ...Chromosomal Replication Initiator Protein Dnaa; Chain: A; / DnaA protein, C-terminal DNA-binding domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosomal replication initiator protein DnaA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tsodikov, O.V. / Biswas, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and Thermodynamic Signatures of DNA Recognition by Mycobacterium tuberculosis DnaA.
著者: Tsodikov, O.V. / Biswas, T.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA
B: Chromosomal replication initiator protein dnaA
C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0356
ポリマ－39,0356
非ポリマー00
水3,225179
1
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA
C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5183
ポリマ－19,5183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
2
B: Chromosomal replication initiator protein dnaA
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5183
ポリマ－19,5183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.441, 88.441, 105.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Chromosomal replication initiator protein dnaA


分子量: 11574.367 Da / 分子数: 2 / 断片: DnaA DBD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: dnaA, MRA_0001, Rv0001 / プラスミド: pET19pps / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A5TY69
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3911.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4031.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 mM Tris, 2 mM MgCl2, 50 mM NaCl, 1200 mM NH4SO4, 2-5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris11
2MgCl211
3NaCl11
4NH4SO411
5glycerol11
6Tris12
7MgCl212
8NaCl12
9NH4SO412
10glycerol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 52736 / Num. obs: 40448 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.760.429126
3.66-500.104189.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.913 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27073 1615 5.1 %RANDOM
Rwork0.25145 ---
obs0.25242 29808 96.19 %-
all-30988 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.71 Å21.35 Å20 Å2
2--2.71 Å20 Å2
3----4.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1511 1054 0 179 2744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0212709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9282.453869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6895189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7121.83171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61915288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8041521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7971.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.51921523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.90431760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7214.52346
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.85132709
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free0.0133179
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.77232565
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 94 -
Rwork0.34 1967 -
obs--86.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86510.10090.27650.6259-0.46850.4991-0.0218-0.01740.0225-0.0385-0.0171-0.01640.0310.01160.03880.1519-0.00020.00560.14770.0020.0859-34.63124.84422.576
20.61820.01790.45110.548-0.03891.13060.00120.01450.057-0.0101-0.0187-0.0114-0.04940.05130.01750.1191-0.0005-0.00670.13540.0060.087-33.57244.49310.617
30.74810.5377-0.56331.0245-2.12145.0444-0.0136-0.06220.221-0.08940.15950.14590.2382-0.5436-0.14590.1121-0.0874-0.0140.21820.02160.0797-52.13618.22917.246
41.2799-0.3103-1.64091.108-0.1436.7115-0.04840.0707-0.0999-0.05850.04530.18390.2372-0.5110.00310.107-0.0298-0.03640.118-0.00640.0911-50.58518.30417.436
50.7168-0.03810.28980.013-0.02750.2134-0.0311-0.0022-0.06410.01460.04770.0021-0.1572-0.0389-0.01660.24340.0258-0.04240.15230.01040.0688-47.64154.62219.281
61.6531-0.83440.47170.7033-0.62210.6723-0.0313-0.1710.0510.10240.14890.0554-0.186-0.1537-0.11760.2130.0003-0.03230.0917-0.01470.101-46.22154.67718.468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A411 - 506
2X-RAY DIFFRACTION2B411 - 505
3X-RAY DIFFRACTION3C101 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4D201 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5E101 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6F201 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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