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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n6e | ||||||
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Title | Vibrio cholerae Oligoribonuclease bound to pGA | ||||||
![]() |
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![]() | rna binding protein/rna / 3'-5' exoribonuclease / RNA BINDING PROTEIN / rna binding protein-rna complex | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lormand, J.D. / Sondermann, H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A dedicated diribonucleotidase resolves a key bottleneck for the terminal step of RNA degradation. Authors: Kim, S.K. / Lormand, J.D. / Weiss, C.A. / Eger, K.A. / Turdiev, H. / Turdiev, A. / Winkler, W.C. / Sondermann, H. / Lee, V.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 100 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 72.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6n6aSC ![]() 6n6cC ![]() 6n6dC ![]() 6n6fC ![]() 6n6gC ![]() 6n6hC ![]() 6n6iC ![]() 6n6jC ![]() 6n6kC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20954.910 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0H6V4D7, UniProt: Q9KV17*PLUS, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: RNA chain | Mass: 629.454 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M BisTris (pH 5.5), 17% polyethylene glycol 3350, and 20% xylitol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 11, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.578→47.311 Å / Num. all: 38266 / Num. obs: 38266 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 22.94 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 7.4 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 319761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6N6A Resolution: 1.578→47.311 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.72 Å2 / Biso mean: 29.4033 Å2 / Biso min: 16.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.578→47.311 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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