- PDB-3pvp: Structure of Mycobacterium tuberculosis DnaA-DBD in complex with ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvp
タイトル
Structure of Mycobacterium tuberculosis DnaA-DBD in complex with box2 DNA
要素
Chromosomal replication initiator protein dnaA
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
キーワード
DNA BINDING PROTEIN/DNA / Helical / DNA replication / DNA binding / DnaA-box / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報
regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能
#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA B: Chromosomal replication initiator protein dnaA C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3') D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3') E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3') F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3') D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
B: Chromosomal replication initiator protein dnaA E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3') F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21973 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 2
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
PHASER
位相決定
REFMAC
5.5.0088
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23821
1034
5.2 %
RANDOM
Rwork
0.22094
-
-
-
all
0.222
20594
-
-
obs
0.22184
18916
91.85 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK