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- PDB-2qgu: Three-dimensional structure of the phospholipid-binding protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qgu
タイトルThree-dimensional structure of the phospholipid-binding protein from Ralstonia solanacearum Q8XV73_RALSQ in complex with a phospholipid at the resolution 1.53 A. Northeast Structural Genomics Consortium target RsR89
要素Probable signal peptide protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / RsR89 / Q8XV73 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid-binding protein / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Probable signal peptide protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Jayaraman, S. / Chen, C.X. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Jayaraman, S. / Chen, C.X. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Three-dimensional structure of the phospholipid-binding protein from Ralstonia solanacearum Q8XV73_RALSQ in complex with a phospholipid at the resolution 1.53 A.
著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Jayaraman, S. / Chen, C.X. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600 HETEROGEN AUTHORS STATE THAT THERE IS NO CHEMICAL CONFIRMATION WHETHER THE LIGAND PRESENT IN THE ... HETEROGEN AUTHORS STATE THAT THERE IS NO CHEMICAL CONFIRMATION WHETHER THE LIGAND PRESENT IN THE STRUCTURE IS PEA OR PEF. THE LIGAND CAME FROM THE BACTERIAL EXPRESSION AND ITS ASSIGNMENT HAS BEEN MADE BASED ON THE 3-D STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable signal peptide protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8722
ポリマ－23,1801
非ポリマー6921
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.495, 46.478, 117.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable signal peptide protein


分子量: 23179.979 Da / 分子数: 1
変異: F10V, M16V, T33A, S50P, S54G, M57L, T103S, V106I, S122A, M154V, A158P, E183D, S192G
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
株: GMI1000 / 遺伝子: RSc2958 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XV73
#2: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 25% w/v PEG6000, 0.1M Trimethylamine, 10% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 66846 / Num. obs: 34787 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.01 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21142 1750 5 %RANDOM
Rwork0.18535 ---
obs0.18667 33037 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1398 0 47 356 1801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.021.972051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.65188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07624.65873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05315253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1331512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0850.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5271.5940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88721485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5573640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5524.5566
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 107 -
Rwork0.163 2073 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.538 Å / Origin y: 19.758 Å / Origin z: 72.378 Å
111213212223313233
T-0.0391 Å20.0109 Å20.0029 Å2--0.0574 Å2-0.0036 Å2---0.0285 Å2
L0.7692 °20.1428 °20.3084 °2-0.7277 °2-0.0324 °2--1.5544 °2
S-0.019 Å °-0.0299 Å °0.0607 Å °0.0622 Å °0.0032 Å °-0.0174 Å °-0.067 Å °0.0069 Å °0.0157 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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