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万見
- PDB-3pvg: Crystal structure of Z. mays CK2 alpha subunit in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvg
タイトルCrystal structure of Z. mays CK2 alpha subunit in complex with the inhibitor 4,5,6,7-tetrabromo-1-carboxymethylbenzimidazole (K68)
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein kinase CK2-inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K68 / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid body in an isomorphous cell / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Papinutto, E. / Franchin, C. / Battistutta, R.
引用ジャーナル: Curr Top Med Chem / 年: 2011
タイトル: ATP site-directed inhibitors of protein kinase CK2: an update.
著者: Sarno, S. / Papinutto, E. / Franchin, C. / Bain, J. / Elliott, M. / Meggio, F. / Kazimierczuk, Z. / Orzeszko, A. / Zanotti, G. / Battistutta, R. / Pinna, L.A.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年12月15日ID: 3KXJ
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6682
ポリマ－39,1761
非ポリマー4921
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.876, 60.041, 45.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II / CK2-alpha


分子量: 39175.969 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ACK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-K68 / (4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzimidazol-1-yl)acetic acid / 4,5,6,7-テトラブロモ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-1-酢酸


分子量: 491.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H4Br4N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Na-acetate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→69.547 Å / Num. obs: 57922 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7345 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: Rigid body in an isomorphous cell / 解像度: 1.5→69.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.985 / SU ML: 0.05 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 2925 5 %RANDOM
Rwork0.1815 ---
obs0.183 57921 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.82 Å2 / Biso mean: 25.3765 Å2 / Biso min: 7.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0 Å2-0.61 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→69.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2728 0 17 279 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3081.9643848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.5685.06336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25123.878147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26315512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1761519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3971.51643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26122665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.56631197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3144.51179
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 181 -
Rwork0.296 3202 -
all-3383 -
obs--77.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01890.48811.06190.79110.71121.9035-0.14680.12310.14940.030.0355-0.0689-0.22350.26410.11130.0865-0.0525-0.02040.06560.0080.09427.881811.24189.2575
21.47420.18540.44540.3868-0.28481.5453-0.0363-0.18210.06910.02880.0386-0.0426-0.05040.0246-0.00230.0350.0088-0.00770.0654-0.02180.041915.7092-1.041710.5035
31.9996-0.66310.44361.1569-0.39781.55470.0676-0.1602-0.2853-0.11380.1158-0.03750.2735-0.0251-0.18340.1051-0.0119-0.04450.05810.0240.105314.864-17.993410.4089
43.6472-1.3044-1.61631.6581.26163.2751-0.0382-0.2197-0.48660.0270.10540.06420.4309-0.0443-0.06720.1483-0.0263-0.0470.09130.07590.142510.5698-21.579713.019
52.6713-0.69910.05351.1-0.31711.36990.0126-0.1833-0.0487-0.03080.12170.05480.0296-0.2401-0.13430.0315-0.0192-0.02660.11420.02180.03612.472-5.76836.1854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2A114 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3A221 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4A263 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5A295 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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