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- PDB-3pve: Crystal structure of the G2 domain of Agrin from Mus Musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pve
タイトルCrystal structure of the G2 domain of Agrin from Mus Musculus
要素Agrin, Agrin protein
キーワードTRANSCRIPTION / mRNA splicing / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of cellular component biogenesis / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / HS-GAG degradation / HS-GAG biosynthesis / acetylcholine receptor regulator activity / regulation of axon guidance / Retinoid metabolism and transport / ECM proteoglycans / regulation of synaptic activity ...negative regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of cellular component biogenesis / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / HS-GAG degradation / HS-GAG biosynthesis / acetylcholine receptor regulator activity / regulation of axon guidance / Retinoid metabolism and transport / ECM proteoglycans / regulation of synaptic activity / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / chondroitin sulfate binding / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / synaptic signaling / BMP binding / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / sialic acid binding / plasma membrane organization / dystroglycan binding / transporter inhibitor activity / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / ATPase inhibitor activity / filopodium assembly / heparan sulfate proteoglycan binding / transforming growth factor beta binding / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of protein binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / receptor clustering / regulation of synapse organization / neuromuscular junction development / basement membrane / regulation of cardiac muscle contraction / axonal growth cone / positive regulation of Rac protein signal transduction / synapse assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / circadian rhythm / sarcolemma / Golgi lumen / positive regulation of neuron apoptotic process / protein transport / extracellular matrix / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / cell differentiation / receptor ligand activity / calcium ion binding / synapse / glutamatergic synapse / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin ...Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / : / Laminin-type EGF domain / SEA domain superfamily / Kazal-type serine protease inhibitor domain / SEA domain profile. / SEA domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / SEA domain / Kazal type serine protease inhibitors / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Do, J. / Bain, K. / Freeman, J. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Do, J. / Bain, K. / Freeman, J. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the G2 domain of Agrin from Mus Musculus
著者: Sampathkumar, P.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agrin, Agrin protein
B: Agrin, Agrin protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9892
ポリマ－40,9892
非ポリマー00
水4,864270
1
A: Agrin, Agrin protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4941
ポリマ－20,4941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Agrin, Agrin protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4941
ポリマ－20,4941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.620, 45.580, 51.510
Angle α, β, γ (deg.)72.280, 68.530, 65.440
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Agrin, Agrin protein


分子量: 20494.488 Da / 分子数: 2 / 断片: G2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Agrin, Agrin (NP_067617) / プラスミド: BS-pSGX4(BS); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: Q6PCM6, UniProt: A2ASQ1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate, 15% PEG 20000, pH 4.6, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.16 Å / Num. obs: 57584 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.136 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8386 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: ARP/wARP

解像度: 1.4→36.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.342 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 2946 5.1 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.194 57556 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.33 Å2 / Biso mean: 17.1416 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20.04 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2573 0 0 270 2843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.9733727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86834450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.4585370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.52122.566113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21715414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4981520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.51753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2641.5732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69822776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.413977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9034.5935
LS精密化 シェル解像度: 1.403→1.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 234 -
Rwork0.322 3998 -
all-4232 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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