PDB-3pty: Crystal structure of the C-terminal extracellular domain of Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pty

タイトル

Crystal structure of the C-terminal extracellular domain of Mycobacterium tuberculosis EmbC

要素

Arabinosyltransferase C

キーワード

TRANSFERASE / beta-sandwich / carbohydrate binding / carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / glycolipid biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / membrane => GO:0016020 / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Alderwick, L.J. / Besra, G.S. / Futterer, K.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: The C-Terminal Domain of the Arabinosyltransferase Mycobacterium tuberculosis EmbC Is a Lectin-Like Carbohydrate Binding Module.
著者: Alderwick, L.J. / Lloyd, G.S. / Ghadbane, H. / May, J.W. / Bhatt, A. / Eggeling, L. / Futterer, K. / Besra, G.S.

履歴

登録	2010年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pty.cif.gz	127 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pty.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pty_validation.pdf.gz	813.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pty_full_validation.pdf.gz	817.3 KB	表示
XML形式データ	3pty_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	3pty_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/3pty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/3pty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1v7n-4 1v7n-3 6dkj-2 1v7m-2 3nx4-d 5oy5-d 5mo9-d 1v7n-1 1v7n-2 2yzk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arabinosyltransferase C

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arabinosyltransferase C

ヘテロ分子

A: Arabinosyltransferase C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.130, 129.130, 136.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

Dimerization may not occur in the context of the full length protein

#1: タンパク質	Arabinosyltransferase C / Arabinosyltransferase EmbC 分子量: 43578.848 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 719-1094) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: embC, MT3900, MTCY13D12.27, Rv3793 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: P72059, UniProt: P9WNL5*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 糖	ChemComp-AFO / octyl alpha-D-arabinofuranoside / octyl alpha-D-arabinoside / octyl D-arabinoside / octyl arabinoside / オクチルα-D-アラビノフラノシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 262.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₃H₂₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.08 M ammonium phosphate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763,0.9797,0.9799

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: silicon(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9763	1
2	0.9797	1
3	0.9799	1

反射

解像度: 2→46.9 Å / Num. all: 45942 / Num. obs: 45942 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 27

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 6577 / R_sym value: 0.564 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXDE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→43.282 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.38 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2073	4348	5.05 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.188	43081	100 %	-
all	-	43081	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.786 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0758 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.0758 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.1517 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2121	0	24	113	2258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	3013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.683	780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.2681	134	0.2266	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.2784	142	0.2163	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.2501	149	0.2116	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.2451	104	0.2075	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2368	161	0.1971	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2295	149	0.1875	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.187	160	0.1828	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.2167	170	0.1745	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2195	115	0.1741	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2008	146	0.1762	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.1736	136	0.1737	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3712	0.1933	111	0.1714	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4168	0.1556	157	0.1769	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4168-2.4661	0.2105	134	0.1883	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4661-2.5198	0.222	169	0.1984	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.229	168	0.1943	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6428	0.194	152	0.1812	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7143	0.2297	126	0.1845	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.7941	0.204	132	0.1816	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7941-2.8843	0.2058	149	0.1809	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-2.9874	0.2226	148	0.2008	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9874-3.107	0.2302	163	0.2036	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.2483	0.2317	133	0.1943	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2483-3.4195	0.2099	150	0.1914	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4195-3.6337	0.243	138	0.1876	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6337-3.914	0.1745	160	0.1782	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.914-4.3076	0.1697	144	0.1641	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3076-4.9302	0.1629	151	0.146	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9302-6.2086	0.1801	171	0.1759	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2086-43.2921	0.1951	126	0.1937	2750	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 80.7989 Å / Origin y: 5.1276 Å / Origin z: 20.1224 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1643 Å²	-0.0117 Å²	0.0128 Å²	-	0.1556 Å²	-0.0171 Å²	-	-	0.1717 Å²
L	0.4919 °²	-0.2945 °²	-0.6492 °²	-	0.5821 °²	0.3292 °²	-	-	0.8765 °²
S	-0.0239 Å °	-0.0248 Å °	-0.0436 Å °	0.0213 Å °	-0.0174 Å °	0.0812 Å °	0.042 Å °	0.069 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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