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- PDB-3psq: Crystal structure of Spy0129, a Streptococcus pyogenes class B so... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3psq
タイトルCrystal structure of Spy0129, a Streptococcus pyogenes class B sortase involved in pilus biogenesis
要素Hypothetical exported protein
キーワードHYDROLASE / Sortase fold / Sortase / pilus assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase B, Firmicutes / Sortase B family / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Sortase B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Kang, H.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Spy0129, a Streptococcus pyogenes class B sortase involved in pilus assembly
著者: Kang, H.J. / Coulibaly, F. / Proft, T. / Baker, E.N.
履歴
登録2010年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical exported protein
B: Hypothetical exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,01832
ポリマ－47,1552
非ポリマー1,86230
水3,315184
1
A: Hypothetical exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,53817
ポリマ－23,5781
非ポリマー96116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,47915
ポリマ－23,5781
非ポリマー90214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.511, 94.511, 253.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypothetical exported protein / sortase


分子量: 23577.680 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in UNP 36-237 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: serotype M1, SF370 / 遺伝子: SPy_0129 / プラスミド: pET32-3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9A1S1

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非ポリマー , 5種, 214分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10% PEG 3350, 0.2M zinc acetate, 0.1M sodium acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal, asymetric cut 12.2 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 25405 / Num. obs: 25357 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2472 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.553 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / ESU R Free: 0.232
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26248 1262 5 %RANDOM
Rwork0.20399 ---
all0.238 25357 --
obs0.20683 23960 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2987 0 57 184 3228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.9474311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.975399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68125.663166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22515600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5141510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9141.51900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7123090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48931292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0294.51205
LS精密化 シェル解像度: 2.321→2.381 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 88 -
Rwork0.262 1730 -
obs-1730 99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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