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- PDB-3ps4: PDZ domain from Human microtubule-associated serine/threonine-pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ps4
タイトルPDZ domain from Human microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
要素Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / KINASE / PDZ domain / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeleton organization / brain development / microtubule binding / cytoskeleton / neuron projection / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / axon / protein serine kinase activity ...cytoskeleton organization / brain development / microtubule binding / cytoskeleton / neuron projection / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / axon / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal ...Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Wang, J. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Sethi, R. / Pike, A.C.W. / Roos, A. / Salah, E. / Cocking, R. / Savitsky, P. ...Ugochukwu, E. / Wang, J. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Sethi, R. / Pike, A.C.W. / Roos, A. / Salah, E. / Cocking, R. / Savitsky, P. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: PDZ domain from Human microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
著者: Ugochukwu, E. / Wang, J. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Sethi, R. / Pike, A.C.W. / Roos, A. / Salah, E. / Cocking, R. / Savitsky, P. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, ...著者: Ugochukwu, E. / Wang, J. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Sethi, R. / Pike, A.C.W. / Roos, A. / Salah, E. / Cocking, R. / Savitsky, P. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2010年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
B: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
C: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
D: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3839
ポリマ－45,0514
非ポリマー3315
水4,125229
1
A: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
D: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7886
ポリマ－22,5262
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
2
B: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
C: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5953
ポリマ－22,5262
非ポリマー691
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 79.326, 82.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 1 / Syntrophin-associated serine/threonine-protein kinase


分子量: 11262.806 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 断片: unp residues 965-1057 / 遺伝子: MAST1, KIAA0973 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2
参照: UniProt: Q9Y2H9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 25 w/v PEG_MME_2000 85 mM Imidazole pH 6.1, 15 mM Imidazole pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→57.26 Å / Num. all: 35617 / Num. obs: 35510 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5134 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2v90

2v90


解像度: 1.85→25.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9494 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1781 5.02 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.1956 35449 --
all-35449 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9061 Å20 Å20 Å2
2---3.1083 Å20 Å2
3---2.2023 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.258 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 0 23 229 3160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00930502
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0841722
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13452
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes612
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4645
X-RAY DIFFRACTIONt_it305020
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.43
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4145
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact35874
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 135 4.7 %
Rwork0.2263 2740 -
all0.2277 2875 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17830.233-0.31523.76090.77182.1948-0.03310.0958-0.0118-0.15430.0585-0.138-0.11340.0179-0.02540.04840.06130.0258-0.003-0.0249-0.0411-2.2064-2.921-11.5136
21.3919-0.54951.18110.24742.781700.06290.0404-0.14990.1032-0.07-0.0517-0.04210.07850.00710.0229-0.0079-0.0112-0.0493-0.0012-0.0248-1.1329-0.6197-0.9599
31.17840.15171.11951.10821.27743.33560.1125-0.5191-0.00970.1371-0.18140.10280.1273-0.41190.06890.0355-0.03440.01830.0454-0.0042-0.0328-9.37153.75617.5047
42.2630.5614-0.21461.23370.19011.78460.07990.2708-0.0917-0.1009-0.0817-0.105-0.2897-0.20270.00180.02030.033-0.0028-0.0353-0.0097-0.0617-7.31372.8639-5.7218
50.01450.67071.34540.8661-0.80250.21040.0039-0.006-0.1860.1303-0.01670.16880.0267-0.14150.0128-0.0179-0.01990.02940.060.0102-0.021-15.2883-6.66591.1596
60-1.2336-2.46031.0473-0.59790.69040.032-0.1568-0.33830.0153-0.00820.01050.1979-0.0603-0.02380.0507-0.00910.0118-0.0170.00340.0515-6.1066-9.8552-0.1054
72.44531.3608-0.8520.926-0.96930.3183-0.03040.1531-0.0086-0.09-0.0194-0.094-0.00080.01930.04980.00510.0553-0.00580.0181-0.0292-0.033-8.3645-1.8083-8.3291
80.8906-2.04940.31640.00141.06210.0973-0.0153-0.04430.0553-0.05020.0422-0.0103-0.03990.0269-0.02690.1227-0.0323-0.0265-0.056-0.024-0.0586-4.667317.93913.7953
90.14-1.62131.09250.5014-0.15570.0565-0.0009-0.0387-0.0670.0305-0.0673-0.0030.06560.08910.06820.1568-0.0406-0.0442-0.0530.0184-0.0362-5.22668.7762-19.4905
104.12660.8134-0.0460.8319-0.71491.52390.12530.36560.0681-0.2204-0.0880.06560.0819-0.2431-0.0373-0.0587-0.00850.0459-0.0425-0.0099-0.0506-14.201819.4425-23.2075
110.34380.38740.22950.51570.1410.6009-0.0085-0.03420.03810.0651-0.00080.0140.01090.04150.00920.119-0.02970.0010.1218-0.13530.07972.471838.1123-15.3698
120.94071.12031.19422.86121.51.607-0.00450.01080.14790.0281-0.06630.02560.003-0.18810.0708-0.0233-0.05990.04-0.0677-0.0149-0.0291-11.702522.38-18.2791
135.51061.8226-0.02771.89950.26974.62770.17320.0495-0.13050.2629-0.0487-0.37840.41250.2384-0.12450.048-0.0166-0.0129-0.0450.009-0.001-6.699115.8809-20.5562
141.22192.5281.47691.3528-0.12561.15030.03030.26710.1287-0.187-0.0542-0.0753-0.1002-0.07380.0239-0.0169-0.0330.0415-0.03650.0412-0.0269-7.585623.4067-29.2446
152.70851.6035-0.8971.66881.94290.5487-0.040.2028-0.1616-0.09360.0648-0.05250.1451-0.0273-0.02480.0485-0.042-0.0305-0.0533-0.0192-0.0427-9.053812.6924-26.3544
160.23681.17021.1482.34070.509900.0286-0.01990.0134-0.06850.00340.03390.1899-0.0279-0.03210.0760.0033-0.01130.04720.0029-0.0126-10.51621.7467-3.6558
172.3952-1.44490.41161.6520.16910.5413-0.0303-0.00960.21560.05970.0241-0.1493-0.01660.05530.00610.0152-0.02550.0049-0.0208-0.06510.0069-16.385140.67071.4373
181.2158-0.812-0.33111.09391.53580.8293-0.00470.0687-0.0922-0.0851-0.0527-0.1383-0.12630.16750.0574-0.08580.00150.0535-0.02640.00040.0646-8.729227.4907-5.8177
190.3565-0.07660.002300.1780.3146-0.00140.01620.0123-0.06290.01260.00730.0160.0147-0.0111-0.0672-0.01070.05130.0902-0.14650.18117.419419.713-15.4369
202.4963-1.2084-1.34781.25041.15611.0719-0.01560.0854-0.12320.0197-0.123-0.24690.04130.10190.1387-0.07640.01420.0336-0.0013-0.00840.0372-12.219629.8531-6.5686
212.320.4294-1.41894.22660.06362.93120.01130.11630.1613-0.2541-0.2279-0.3852-0.22380.01120.2166-0.07570.0060.021-0.00170.02920.0387-11.444737.7935-6.6133
222.4081-1.48341.46683.53871.06061.1888-0.0207-0.12020.11590.152-0.0728-0.2478-0.03740.0610.0936-0.0059-0.0297-0.07230.0770.00610.0419-3.986733.25191.7325
230.8653-0.36311.53792.0386-1.45190.8902-0.0036-0.08270.2027-0.0388-0.0779-0.1177-0.0382-0.02260.0814-0.1193-0.08380.032-0.046-0.0534-0.0053-10.369241.0091-3.622
240.26320.12050.30930.3950.38690.6987-0.00520.07160.05570.0527-0.0464-0.0108-0.0970.04830.05160.02530.00040.05440.04260.0110.0471-15.616528.7329-22.1658
251.44970.6466-1.27770.877-0.30151.583-0.0389-0.18130.10920.11620.0917-0.1381-0.0018-0.08-0.0529-0.0364-0.01810.02620.1348-0.0478-0.1352-4.915913.646824.7198
260.5459-0.6635-0.61662.00631.37320.60440.0086-0.06350.3202-0.05690.055-0.1135-0.3087-0.0817-0.0636-0.03450.0167-0.0293-0.05-0.0141-0.0978-5.083416.86410.086
271.1163-0.7390.68540.22030.01460.8372-0.0202-0.0198-0.02250.027-0.0032-0.0035-0.0363-0.11250.0233-0.06110.1351-0.13230.302-0.13640.137-21.99818.0335-0.6518
280.2631.96881.73781.88972.40312.01010.0072-0.01750.0906-0.06370.06890.0067-0.1958-0.0092-0.076-0.06830.0127-0.0201-0.0135-0.0157-0.0497-0.865813.276111.6816
290.04571.1074-1.14132.00480.67843.74180.0664-0.20550.08130.3861-0.1417-0.01180.0329-0.16310.0753-0.0264-0.0001-0.01020.0604-0.0342-0.0549-3.973711.707618.2105
300.91430.3561.30910.1739-0.62840.5316-0.0048-0.11820.01020.0063-0.03730.1338-0.0566-0.11380.04220.01450.0815-0.03320.0544-0.0619-0.0299-15.144217.993113.3986
310.1574-0.5104-0.94512.1192-0.26750.39950.0053-0.02690.04180.0272-0.01370.0122-0.07110.03680.00840.20250.127-0.1002-0.0283-0.1120.0519-9.400924.469416.7863
320.5406-1.59112.72410.1793-0.85652.068-0.0267-0.29180.10710.05380.0282-0.02080.0098-0.0929-0.0016-0.0603-0.02590.08650.0344-0.063-0.0922-5.198112.217821.2528
331.2422-0.95591.26060.49071.37140.3006-0.0205-0.1234-0.0660.0190.0621-0.0730.01730.0038-0.04160.0353-0.0392-0.00920.01790.0045-0.02910.2725-2.36036.9798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|966 - 976}A966 - 976
2X-RAY DIFFRACTION2{A|977 - 982}A977 - 982
3X-RAY DIFFRACTION3{A|983 - 1009}A983 - 1009
4X-RAY DIFFRACTION4{A|1010 - 1024}A1010 - 1024
5X-RAY DIFFRACTION5{A|1025 - 1032}A1025 - 1032
6X-RAY DIFFRACTION6{A|1033 - 1042}A1033 - 1042
7X-RAY DIFFRACTION7{A|1043 - 1053}A1043 - 1053
8X-RAY DIFFRACTION8{A|1054 - 1061}A1054 - 1061
9X-RAY DIFFRACTION9{B|965 - 970}B965 - 970
10X-RAY DIFFRACTION10{B|971 - 986}B971 - 986
11X-RAY DIFFRACTION11{B|987 - 992}B987 - 992
12X-RAY DIFFRACTION12{B|993 - 1009}B993 - 1009
13X-RAY DIFFRACTION13{B|1010 - 1029}B1010 - 1029
14X-RAY DIFFRACTION14{B|1030 - 1040}B1030 - 1040
15X-RAY DIFFRACTION15{B|1041 - 1052}B1041 - 1052
16X-RAY DIFFRACTION16{B|1053 - 1061}B1053 - 1061
17X-RAY DIFFRACTION17{C|966 - 976}C966 - 976
18X-RAY DIFFRACTION18{C|977 - 987}C977 - 987
19X-RAY DIFFRACTION19{C|988 - 993}C988 - 993
20X-RAY DIFFRACTION20{C|994 - 1009}C994 - 1009
21X-RAY DIFFRACTION21{C|1010 - 1025}C1010 - 1025
22X-RAY DIFFRACTION22{C|1026 - 1044}C1026 - 1044
23X-RAY DIFFRACTION23{C|1045 - 1053}C1045 - 1053
24X-RAY DIFFRACTION24{C|1054 - 1061}C1054 - 1061
25X-RAY DIFFRACTION25{D|964 - 972}D964 - 972
26X-RAY DIFFRACTION26{D|973 - 987}D973 - 987
27X-RAY DIFFRACTION27{D|988 - 994}D988 - 994
28X-RAY DIFFRACTION28{D|995 - 1009}D995 - 1009
29X-RAY DIFFRACTION29{D|1010 - 1024}D1010 - 1024
30X-RAY DIFFRACTION30{D|1025 - 1034}D1025 - 1034
31X-RAY DIFFRACTION31{D|1035 - 1044}D1035 - 1044
32X-RAY DIFFRACTION32{D|1045 - 1054}D1045 - 1054
33X-RAY DIFFRACTION33{D|1055 - 1061}D1055 - 1061

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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