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- PDB-3ps3: Crystal structure of the Escherichia Coli LPXC/LPC-053 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ps3
タイトルCrystal structure of the Escherichia Coli LPXC/LPC-053 complex
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / LPXC / ANTIBIOTIC / ACYL UDP-GLCNAC / HYDROXAMATE / LPC-053 / BAAB SANDWICH / LIPID A BIOSYNTHESIS / LIPID A SYNTHESIS / HYDROLASE / DEACETYLATION / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-L53 / Chem-UKW / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli IHE3034 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lee, C.-J. / Zhou, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Syntheses, structures and antibiotic activities of LpxC inhibitors based on the diacetylene scaffold.
著者: Liang, X. / Lee, C.J. / Chen, X. / Chung, H.S. / Zeng, D. / Raetz, C.R. / Li, Y. / Zhou, P. / Toone, E.J.
履歴
登録2010年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,89211
ポリマ－33,5541
非ポリマー1,33810
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.745, 107.745, 53.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33554.352 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli IHE3034 (大腸菌) / 株: IHE3034 / ExPEC / 遺伝子: ECOK1_0097, ENVA, lpxC / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D5CV28, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 6種, 136分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-L53 / 4-[4-(4-aminophenyl)buta-1,3-diyn-1-yl]-N-[(2S,3S)-3-hydroxy-1-nitroso-1-oxobutan-2-yl]benzamide


分子量: 375.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N3O4
#4: 化合物 ChemComp-UKW / 4-ethynyl-N-[(1S,2R)-2-hydroxy-1-(oxocarbamoyl)propyl]benzamide


分子量: 260.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N2O4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 1.5-1.7 M LISO4 AND 10 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 20826 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.416 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.1480.53210311.278100
2.14-2.188.10.50610331.311100
2.18-2.227.90.87510391.497100
2.22-2.267.40.35710276.21199.6
2.26-2.317.60.62810401.69799.9
2.31-2.378.30.28410221.372100
2.37-2.428.40.23610421.362100
2.42-2.498.50.20110391.315100
2.49-2.568.60.17410541.316100
2.56-2.658.70.14510161.266100
2.65-2.748.90.12510391.336100
2.74-2.858.90.09610481.194100
2.85-2.988.90.0810381.135100
2.98-3.1490.06410351.03100
3.14-3.338.90.05310610.973100
3.33-3.598.60.04810491.16699.8
3.59-3.957.20.04610041.45497.2
3.95-4.528.80.03910580.81399.8
4.52-5.790.0410610.75799.9
5.7-508.70.04610900.88599.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 32.92 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.94 Å
Translation2.5 Å26.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→26.936 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.8115 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 959 5.17 %
Rwork0.1954 --
obs0.1976 18547 88.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.169 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 186.68 Å2 / Biso mean: 53.8719 Å2 / Biso min: 17.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4361 Å2-0 Å20 Å2
2---5.4361 Å20 Å2
3---10.8722 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2356 0 81 126 2563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.873403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.271919
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.21140.33351110.26422091220275
2.2114-2.34980.39931160.32642073218974
2.3498-2.53110.2631430.20842532267591
2.5311-2.78560.26431390.19012605274493
2.7856-3.18810.24261520.18742680283295
3.1881-4.01460.20661470.18082732287996
4.0146-26.93850.19871510.16442875302699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.0239 Å / Origin y: -16.9043 Å / Origin z: 0.7768 Å
111213212223313233
T0.2093 Å20.0245 Å2-0.0264 Å2-0.2225 Å20.0216 Å2--0.1853 Å2
L2.8411 °2-0.4709 °2-0.2766 °2-1.1172 °20.2526 °2--0.8667 °2
S0.1561 Å °0.3119 Å °0.3532 Å °-0.1749 Å °-0.0723 Å °-0.0334 Å °0.0163 Å °0.0188 Å °-0.0718 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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