PDB-3pqd: Crystal structure of L-lactate dehydrogenase from Bacillus subtil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pqd

タイトル

Crystal structure of L-lactate dehydrogenase from Bacillus subtilis complexed with FBP and NAD+

要素

L-lactate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lactate dehydrogenase / FBP / NAD+

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.376 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Garavito, R.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L-lactate dehydrogenase from Bacillus subtilis complexed with FBP and NAD+
著者: zhang, Y. / Garavito, R.M.

履歴

登録	2010年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pqd.cif.gz	463 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pqd.ent.gz	384.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pqd_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pqd_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3pqd_validation.xml.gz	93.7 KB	表示
CIF形式データ	3pqd_validation.cif.gz	125.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/3pqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/3pqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pqe 3pqf
類似構造データ	3d0o-1 5nqq-d 4r69-d 6bb1-2 4ajo-d 6bax-d 6mva-d 5ixs-d 4i9h-2 1ldn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (12) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

C: L-lactate dehydrogenase

D: L-lactate dehydrogenase

E: L-lactate dehydrogenase

F: L-lactate dehydrogenase

G: L-lactate dehydrogenase

H: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

287 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

C: L-lactate dehydrogenase

D: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate dehydrogenase

F: L-lactate dehydrogenase

G: L-lactate dehydrogenase

H: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.041, 171.041, 96.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase / L-LDH

分子量: 35670.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ldh, lctE, BSU03050 / プラスミド: pLW01 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13714, L-lactate dehydrogenase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

#3: 化合物

ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% PEGmme 2K, 0.1M Na/K PO4,pH 5.5, 1mM NAD+, 1mM FBP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.376→29.445 Å / Num. all: 126217 / Num. obs: 126217 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.376→29.445 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2685	3816	3.02 %	random
R_work	0.2139	-	-	-
all	0.2155	126217	-	-
obs	0.2155	126217	99.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.582 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.095 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.095 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1901 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.376→29.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18737	0	124	144	19005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	19222
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1	26083
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.344	11688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	2974
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3765-2.4066	0.2522	104	0.182	4272	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4066-2.4382	0.2598	138	0.1877	4382	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4382-2.4716	0.2671	132	0.1875	4542	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4716-2.5069	0.2775	149	0.2023	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5069-2.5443	0.2751	156	0.2117	4520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5443-2.584	0.2843	159	0.2258	4560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.584-2.6264	0.3189	140	0.2286	4509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6264-2.6716	0.2923	130	0.2169	4613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6716-2.7202	0.2686	137	0.2232	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7202-2.7724	0.296	144	0.2517	4554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7724-2.829	0.3202	143	0.2542	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-2.8904	0.3481	158	0.258	4540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8904-2.9576	0.3589	148	0.2461	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9576-3.0315	0.3238	118	0.2506	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0315-3.1134	0.3293	113	0.2488	4605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1134-3.2049	0.3204	131	0.2465	4509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2049-3.3082	0.278	137	0.2383	4537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3082-3.4263	0.2935	142	0.2388	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4263-3.5632	0.2805	169	0.2188	4543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5632-3.7251	0.256	150	0.2117	4532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7251-3.9211	0.236	160	0.21	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9211-4.1661	0.2553	155	0.2	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1661-4.4868	0.2514	141	0.1785	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4868-4.9364	0.2198	140	0.1834	4537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9364-5.6463	0.238	146	0.2001	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6463-7.0973	0.263	140	0.2047	4548	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0973-29.4477	0.2178	136	0.1734	4505	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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