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- PDB-3pqc: Crystal structure of Thermotoga maritima ribosome biogenesis GTP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqc
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima ribosome biogenesis GTP-binding protein EngB (YsxC/YihA) in complex with GDP
要素Probable GTP-binding protein engB
キーワードHYDROLASE / Rossmann Fold / GTPase / GTP binding / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / GTP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein, ribosome biogenesis, YsxC / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable GTP-binding protein EngB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chan, K.H. / Wong, K.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of an essential GTPase, YsxC, from Thermotoga maritima
著者: Chan, K.H. / Wong, K.B.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Database references
改定 1.32014年12月10日Group: Structure summary
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable GTP-binding protein engB
B: Probable GTP-binding protein engB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0736
ポリマ－44,9752
非ポリマー1,0994
水6,792377
1
A: Probable GTP-binding protein engB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0373
ポリマ－22,4871
非ポリマー5492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable GTP-binding protein engB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0373
ポリマ－22,4871
非ポリマー5492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.670, 69.714, 94.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable GTP-binding protein engB


分子量: 22487.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: engB, TM_1466 / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9X1H7
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M sodium acetate pH5.5, 30% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月18日
放射モノクロメーター: VariMax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→23.71 Å / Num. all: 33463 / Num. obs: 33459 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 0.082
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1SVI

1svi


解像度: 1.9→23.709 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 21.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1638 5.08 %
Rwork0.1805 --
obs0.183 32260 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.689 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4156 Å2-0 Å20 Å2
2---1.4806 Å2-0 Å2
3---1.8962 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 70 377 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9474420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6911309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95590.26611190.2142387X-RAY DIFFRACTION92
1.9559-2.0190.24161320.19912434X-RAY DIFFRACTION93
2.019-2.09110.25321430.18982447X-RAY DIFFRACTION95
2.0911-2.17480.25951520.17692485X-RAY DIFFRACTION96
2.1748-2.27370.22271150.17122523X-RAY DIFFRACTION96
2.2737-2.39340.22061350.16982511X-RAY DIFFRACTION96
2.3934-2.54320.25071230.18252556X-RAY DIFFRACTION97
2.5432-2.73930.23731480.18812570X-RAY DIFFRACTION97
2.7393-3.01450.24491390.19182599X-RAY DIFFRACTION98
3.0145-3.44960.23261560.17632618X-RAY DIFFRACTION99
3.4496-4.34170.2141270.16082694X-RAY DIFFRACTION99
4.3417-23.71070.19711490.17392798X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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