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- PDB-3pqa: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Gap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqa
タイトルCrystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GapN from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
要素Lactaldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


lactaldehyde dehydrogenase / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lactaldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Seidel, R. / Garrett, S. / Foti, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GapN from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Seidel, R. / Garrett, S. / Foti, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactaldehyde dehydrogenase
B: Lactaldehyde dehydrogenase
C: Lactaldehyde dehydrogenase
D: Lactaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,17911
ポリマ－216,5064
非ポリマー6727
水24,4101355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17090 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area61280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.574, 77.568, 164.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-488-

SO4

21A-649-

HOH

31D-1245-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Lactaldehyde dehydrogenase / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE


分子量: 54126.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ1411 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q58806, lactaldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35% MPD, 0.1 M MES, 0.2 M lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 460550 / % possible obs: 78.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.298 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.5-1.531.893790.69732
1.53-1.552.1122180.70841.7
1.55-1.582.3146230.74550.1
1.58-1.622.4179890.75861.8
1.62-1.652.5211540.79672.3
1.65-1.692.7230320.81179
1.69-1.732.9232800.844800.9
1.73-1.782.9235350.86480.40.745
1.78-1.832.9235530.87680.90.591
1.83-1.892.9239730.89181.80.432
1.89-1.962.9242840.91583.30.321
1.96-2.042.9246690.96184.40.228
2.04-2.132.8250351.013860.173
2.13-2.242.8258181.08688.40.136
2.24-2.382.8265561.18790.90.108
2.38-2.562.7274031.364940.09
2.56-2.822.7279701.75395.90.079
2.82-3.232.7284372.08397.20.062
3.23-4.072.7287452.598.50.047
4.07-502.9288972.861990.044

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.74 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.54 Å
Translation2.5 Å41.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EUH

1euh


解像度: 1.5→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.2081 / WRfactor Rwork: 0.1762 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8319 / SU B: 4.507 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1251 / SU Rfree: 0.0933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 12500 5.1 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1886 246563 83.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.37 Å2 / Biso mean: 18.3751 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20.1 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14137 0 35 1355 15527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02214637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.98619804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91951891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83425.605603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.169152827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1321561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.69410.59181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6165014939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.182505456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5034.54831
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.53314637
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 413 -
Rwork0.411 7978 -
all-8391 -
obs--38.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1946-0.0569-0.08860.2673-0.0290.30760.00080.05220.02270.0099-0.03090.0503-0.0187-0.05760.03010.01050.0029-0.01630.0677-0.01810.05463.576359.534923.6877
20.3642-0.0092-0.20320.30050.03780.3178-0.05410.0441-0.04550.0009-0.00820.06510.0819-0.05980.06230.027-0.01730.01040.0458-0.01960.028422.246628.801514.8475
30.43090.0643-0.14250.26870.03920.3034-0.0011-0.06480.09660.07860.002-0.0012-0.04220.0475-0.00090.063-0.0175-0.03770.0558-0.01050.057842.113361.177346.0868
40.3188-0.066-0.0750.3184-0.0220.267-0.0403-0.0508-0.01880.1085-0.0030.0160.06160.01660.04330.0922-0.01090.00340.0561-0.00510.016723.259131.975959.492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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