PDB-3ppr: Structures of the substrate-binding protein provide insights into...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppr

タイトル

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of Bacillus subtilis ABC transporter OpuC

要素

Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha sandwich / osmoprotectant

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
著者: Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

履歴

登録	2010年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppr.cif.gz	222.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppr.ent.gz	179.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ppr_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ppr_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	3ppr_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3ppr_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ppnC 3ppoC 3pppC 3ppqC 1sw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ppo-2 6eyq-1 3ppp-2 6eyq-2 3ppq-1 5nxy-1 3ppp-1 3r6u-d 1esz-d 3ktm-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.965, 92.575, 115.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein / OpuCC / Osmoprotectant-binding protein 分子量: 35016.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: opuCC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32243
#2: 化合物	ChemComp-4CS / (4S)-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / ECTOINE / L-エクトイン分子量: 142.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28%(v/v) Polyethylene Glycol 400, 0.2M Calcium Chloride dihydrate, 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 38654 / Num. obs: 38654 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SW2

1sw2

解像度: 2.1→38.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.047 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1963	5 %	RANDOM
R_work	0.1986	36941	-	-
obs	0.2002	36941	97.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 39.6 Å² / B_iso mean: 28.489 Å² / B_iso min: 4.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4330	0	20	140	4490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.964	5986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.583	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.988	25.577	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.122	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.671	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.475	1.5	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.947	2	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.645	3	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.763	4.5	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	147	-
R_work	0.217	2591	-
obs	-	-	94.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8302	0.0997	-0.2281	0.4591	0.0344	1.2139	-0.0299	0.0681	-0.1351	-0.0366	0.0198	-0.0368	0.0589	0.0982	0.01	0.0866	0.0153	0.0063	0.0911	-0.0077	0.1059	48.1804	12.4055	7.3147
2	1.343	-0.4874	-0.189	0.6598	0.2353	0.5183	0.0038	-0.1398	-0.0604	0.1163	-0.0053	0.0426	0.0216	0.0588	0.0015	0.1044	0.0001	0.0011	0.0971	0.0087	0.0876	37.9881	16.5562	20.9652
3	2.0899	0.0153	-0.1091	0.5488	-0.332	1.7517	-0.0007	0.2366	-0.1305	-0.0172	-0.0034	0.0351	0.0676	-0.1913	0.0041	0.0654	-0.0021	0.0009	0.1154	-0.0359	0.0901	18.4907	17.3739	4.4282
4	1.0014	-0.0398	-0.3197	0.2007	0.0864	0.6654	0.0577	0.0463	0.1197	0.0064	-0.0245	-0.0375	-0.0836	0.0517	-0.0331	0.1015	0.0011	0.0077	0.0891	0.0107	0.0991	41.245	23.7594	6.4858
5	0.8084	-0.2014	-0.3185	0.7238	0.0865	1.0668	0.0167	-0.0669	0.0198	-0.008	0.0152	0.0301	-0.0514	-0.1157	-0.0319	0.087	0.002	-0.0054	0.1097	-0.0126	0.0775	9.3139	33.0738	34.7087
6	2.4016	-0.9335	0.6143	2.8215	-0.202	2.1942	0.1773	0.0271	0.4268	-0.1752	-0.0229	-0.4131	-0.3872	0.315	-0.1545	0.15	-0.0666	0.1048	0.0482	-0.0326	0.1378	27.365	44.9362	19.2116
7	1.0297	-0.1628	-0.4826	0.6776	0.1952	0.804	0.1069	0.0521	0.026	-0.1881	-0.0557	0.0267	-0.1012	-0.1939	-0.0513	0.115	0.0236	-0.0198	0.1082	0.004	0.0529	7.3665	37.1629	23.6447
8	23.3957	-9.2543	15.9775	110.8432	15.9157	49.4841	1.2729	-0.6224	-2.2027	-2.4818	-1.3772	-2.8175	1.9569	0.1561	0.1043	0.1733	0.0121	0.0642	0.4703	-0.0021	0.5808	-10.0262	28.464	24.3549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	88 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	134 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	33 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	142 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	204 - 299
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	300 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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